La bataille fait rage sur Atlantis. Alors que le major Sheppard et son équipe sont en mauvaise posture, le Dédale, un vaisseau très performant venu de la Terre, leur porte secours. Mais leur répit est de courte durée. Les Wraith préparent une nouvelle attaque, beaucoup plus importante que la précédente...

Le docteur Weir, MacKay et Sheppard ont quitté la Terre et font route vers Atlantis à bord du Dédale. Alors qu'ils traversent la galaxie de Pégase, deux scientifiques meurent électrocutés. Avec l'aide d'Hermiod, un Asgard, McKay découvre qu'un virus Wraith a infesté leur système informatique...

Le major Lorne et son équipe découvrent le cadavre d'un Wraith. La façon dont il a été abattu leur suggère que Ford pourrait être l'auteur du crime. Sheppard et Teyla, partis à la recherche de leur équipier, se font attaquer par surprise. McKay retrouve Ford et constate qu'il est doté d'étranges pouvoirs...

McKay et Laura Cadman sont enlevés par un Dart ennemi et restent introuvables. Sheppard et son équipe, qui ont abattu le vaisseau in extremis, ne parviennent à rematérialiser que McKay, l'énergie faisant défaut. Celui-ci constate rapidement que l'esprit de Cadman a pris possession de son corps...

Sheppard et son équipe sont pris au piège par les habitants d'une île, des prisonniers servant de nourriture aux Wraith. Un vaisseau les prend à son bord et les conduit au chef de la planète. De retour vers Atlantis, le jumper de Sheppard est pris d'assaut par les prisonniers, décidés à quitter les lieux...

Sheppard et son équipe partent explorer la planète Doranda, où tout a été détruit, à l'exception d'un générateur de puissance. McKay met tout en oeuvre pour l'activer. Il ne tarde pas à perdre le contrôle de la machine et comprend que l'appareil est à l'origine de la catastrophe qui a ravagé la planète...

Sheppard et son équipe découvrent un peuple terrorisé depuis qu'un vaisseau Wraith s'est écrasé sur leur sol et que l'unique survivant part en chasse toutes les nuits. Sheppard et Teila font la connaissance de Zaddik. Celui-ci a recueilli une jeune Wraith, Ellia, qu'il considère comme sa fille...

Sheppard se transforme progressivement en Wraith après avoir été attaqué par une créature. Il se montre de plus en plus agressif et présente des transformations physiques inquiétantes. En dépit des efforts du docteur Carson et de toute l'équipe, le processus de mutation semble irréversible...

Sheppard et son équipe se rendent sur l'Aurore, un puissant vaisseau de guerre Ancien. Sur place, ils constatent que l'équipage est maintenu artificiellement en vie depuis des milliers d'années et qu'ils sont sans doute capables de communiquer entre eux. Sheppard entre dans leur monde virtuel...

Au cours d'une exploration, Sheppard, McKay, Teyla et Ronon sont pris en embuscade par un groupe mené par Ford. Après leur avoir fait ingurgiter de l'enzyme Wraith, il oblige ses ex-coéquipiers à monter à bord d'un dart afin d'éliminer un vaisseau ruche. Sheppard n'a pas d'autre choix que d'accepter...

Sheppard, Ronon, Teyla et Ford sont retenus prisonniers à bord du vaisseau ruche. De son côté, McKay s'injecte une dose d'enzyme, ce qui lui permet de s'échapper. Il explique la situation à Weir, qui envoie le Dédale au secours de son équipe. Ils ignorent qu'un second vaisseau ruche est arrivé...

Sheppard est pris au piège dans un monde où le temps passe beaucoup plus vite. Deux autochtones lui apprennent que cet espace a été créé par les Anciens et que l'unique moyen d'en sortir est d'effectuer l'Ascension. L'équipe SG tente de lui venir en aide avant qu'il ne meure de vieillesse...

Sur Terre, le général Landry apprend qu'une bombe a été placée sur Atlantis. Toute activation de la Porte des étoiles afin de communiquer avec la Terre suffirait à la déclencher. Le docteur Weir décide de couper la principale source d'énergie de la cité. A présent, Atlantis est à nouveau visible des Wraith...

McKay est à bord d'un jumper que Zelenka vient de réparer. Il ne peut cependant pas empêcher le vaisseau de s'écraser dans l'océan. Pris de panique, il tente de trouver un moyen de remonter à la surface rapidement. En état de choc, il imagine que le docteur Carter est venu pour le secourir...

Sheppard et son équipe explorent une planète et découvrent avec stupeur qu'il s'agit d'une réplique d'Atlantis dont les dirigeants sont dotés du gène des Anciens. Les paysans sont contraints de donner la moitié de leur récolte à leur roi qui, en échange, leur assure une protection contre les Wraith...

Deux objets sont découverts, flottant dans l'espace, ramenés sur Atlantis, ils s'avèrent être deux caissons de survie contenant un couple. Beckett conclut, un peu trop vite, qu'ils sont tous deux morts. En fait, les naufragés parviennent à tromper la vigilance de Weir et Sheppard. Ils s'emparent de leurs corps et les utilisent pour terminer leur lutte sans merci, prêts à aller jusqu'à la mort...

Ladon Radim, un ennemi appartenant aux Genii, propose à Weir un marché afin de provoquer un coup d'état. Méfiante, Weir charge Sheppard et McKay de vérifier les propos de Ladon. Sur place, ils tombent dans un piège et comprennent que tous les prisonniers ont un point commun : le gène des Anciens...

Le lieutenant Michael Kenmore se réveille à l'infirmerie d'Atlantis, complètement amnésique. En consultant les dossiers du docteur Beckett, il apprend qu'il est en réalité un Wraith et qu'il sert de cobaye afin d'expérimenter un sérum destiné à humaniser les Wraith. Il s'échappe et prend Teyla en otage...

Sheppard et son équipe se rendent sur la planète Taranis afin de réparer le bouclier de protection. McKay réalise rapidement que le générateur puise son énergie dans un volcan. Trop sollicité par les habitants, le volcan ne tarde pas à entrer en éruption et menace d'exterminer la moitié du continent...

Un vaisseau-ruche Wraith entre en contact avec Atlantis et scelle une alliance avec Weir. En guerre civile, un groupe de rebelles souhaite inoculer le rétrovirus de Beckett à ses ennemis. Mais au cours d'un essai, les membres d'Atlantis tombent dans un piège et comprennent que l'alliance était une ruse...