Les Tortues Ninja

Après l'invasion de New York, April, Casey et les Tortues trouvent refuge dans la maison de campagne de la famille O'Neil. 3 mois ont passé, et Leonardo est toujours inconscient.

Raphael organise une partie de cache-cache dans la forêt pour que Mikey et Donnie apprivoisent leur nouvel environnement. Mais ils tombent nez-à-nez avec une créature légendaire, le Big Foot.

Lors d'un grand nettoyage dans la maison de campagne, April et les Tortues découvrent un vaisseau Kraang caché dans la cave. La mère d'April y était conservée en hibernation.

Mikey a encore tout saccagé dans le salon en rejouant une scène de Crognard le Barbare. Ses frères lui passent un savon, et le forcent à nettoyer, ce qui le pousse à s'enfuir dans la forêt.

En revenant de l'épicerie locale, Casey et April trouvent les Tortues faisant la sieste. Casey s'indigne tandis qu'April s'inquiète car elle n'arrive pas à les réveiller.

Casey et Donnie croisent un dangereux chauffard sur la route. Ils apprennent aux informations qu'il est activement recherché et décident de le prendre en chasse.

Donatello teste un nouvel appareil sur April, censé mesurer ses pouvoirs psychiques. Mais par un phénomène étrange, elle se met à voir à travers les yeux d'un volatile mutant géant, mélange de lombric, d'oiseau, et de poisson.

Leonardo se fait attaquer par un daim dans la forêt, suite à quoi, il décide d'organiser une retraite pour lui et ses frères afin de se reconnecter avec Mère Nature.

Les Tortues apprennent par un flash info que tout va bien à New York, mais que la ville a été mise en quarantaine. Ce message est tout sauf rassurant, et ils décident de retourner dans la grosse pomme.

Les Tortues retournent dans leur ancien repaire. Ils en ramènent des souvenirs et autres objets précieux. Leonardo a récupéré le vieux portrait de famille de Maître Splinter. Quand celui-ci revoit Karaï bébé, son émotion est vive et perceptible.

Les Tortues poursuivent leur mission qui est de retrouver Karaï. Ils ne disposent que d'un seul indice, et se séparent pour chercher dans plusieurs lieux sélectionnés par Donnie.

Mikey joue dans le laboratoire de Donnie et fabrique accidentellement du rétro-mutagène. Splinter ordonne aux 4 frères de rendre leur apparence humaine aux New-Yorkais krang-formés par les Krangs.

Les Tortues embarquent dans leur ballon dirigeable, et partent à l'assaut de la Dimension X.

Casey Jones garde une dent contre les Tortues, pour ne pas avoir été du voyage dans la Dimension X. Il aura à cœur de démontrer que la ville de New York peut compter sur lui comme justicier.

Shredder envoie Rocksteady et Bebop récupérer des produits chimiques pour mettre au point un sérum de manipulation mentale pour Karaï.

Shredder et Stockman la mouche tiennent enfin la substance indispensable pour mettre au point leur formule de contrôle de la pensée.

Casey et Mikey font du skate et rencontrent un nouveau mutant, Jason, qui est devenu un gecko.

Stockman la mouche a rendu sa forme humaine à Karaï. Il lui enfonce un parasite dans l'oreille, qui conditionne son cerveau à obéir aux ordres de Shredder sans discuter.

Leo et ses frères font une étrange rencontre, venue du futur. La jeune et belle Reinette est poursuivie par un horrible démon mutant du nom de Savanti Romero. Celui-ci veut lui subtiliser le Sceptre du Temps.

Les 4 frères poursuivent leur voyage dans le temps, et se retrouvent au Japon, dans un passé pas si lointain. Aucune trace de Reinette. Par contre, ils sont cernés par des ninjas du clan Hamato.

Après plusieurs tentatives ratées et une entorse au pied (Raphael), les Tortues réussissent à s'introduire dans le labo de Stockman la mouche et dérober un parasite du cerveau. Le but : permettre à Donnie d'inverser le processus et de sauver Karaï.

Mikey fait l'idiot dans le labo de Donnie, qui travaille sur un nouveau sérum anti-parasite destiné à Karaï. A force de jouer, il fait tomber des flacons d'une étagère au contenu dangereux, et renverse le sérum sur Donnie, mais pas seulement.

A l'aide des Mascottes de Baxter Stockman, Karaï parvient à attirer les Tortues, une à une. Elle veut ainsi pousser Splinter à l'affronter en duel. Mais son plan machiavélique ne s'arrête pas là.

La légende urbaine de l'homme-dinosaure, sur laquelle enquêtait Kurtzman, rattrape Doc Rockwell et Slash dans les égouts de New York. Ces derniers sont mis K.O. par une créature étrange, et Raphael est appelé à la rescousse pour la neutraliser.

Les Tortues rencontrent le mystérieux Bishop, qui signe ses messages d'une pièce d'échecs (le fou pour Bishop). Il leur apprend que la Terre est doublement menacée, par les Krangs qui ont enfin réparé leur Technodrome.

Les Tortues et tous leurs alliés (Slash et les mutanimaux, Mondo Gecko, Muckman) tentent d'empêcher les Tricératons d'activer le générateur de trou noir et d'aspirer la Terre. En vain. Le capitaine Mozar kidnappe Mikey et l'emmène dans l'espace.