Depuis son évasion spectaculaire, Flint écume les mers sur son navire. Profondément marqué par la mort de la femme qu'il aimait, il noie son chagrin dans le meurtre. Il multiplie les attaques dans les ports et devance son équipage, au plus près du danger. Silver tente de le raisonner, sans succès...

Une flotte royale fait route vers Nassau, avec à son bord Eleanor. La jeune femme tente de faire comprendre à Rogers qu'elle est indispensable à la réussite de son opération. De son côté, le capitaine Flint affronte une terrible tempête. Il souffre d'hallucinations, qui lui montrent Miranda sous la forme d'un spectre...

Flint et son équipage sont toujours à flot après la terrible tempête qu'ils ont dû traverser. Ils sont maintenant dans une zone sans vent et dérivent à petite vitesse. La nourriture, et surtout l'eau potable, commencent à manquer. Un rationnement strict est mis en place. Silver tente de se réconcilier avec Flint...

Le capitaine Flint et son équipage sont faits prisonniers sur l'île où ils avaient trouvé refuge. Pendant ce temps, à Nassau, Charles Vane tente de s'échapper.

Toujours prisonniers des esclaves en fuite, sur l'île qui leur sert de refuge, les hommes de Flint tentent de négocier leur libération. Flint en personne mène les débats. Lorsque monsieur Scott arrive blessé, les équilibres sont rompus. A Nassau, le nouveau gouverneur britannique prend ses quartiers...

John Silver souffre terriblement de sa jambe amputée qui ne veut pas cicatriser, mais refuse de se montrer affaibli devant l'équipage. Il reçoit toutefois une aide et des soins appropriés. De son côté, Flint rejoint Barbe Noire sur son île. Deux capitaines pour une seule flotte : un chef est de trop...

Anne Bonny, qui a compris le message codé de Jack, est en fuite, recherchée par les hommes du gouverneur. Sam essaie de la convaincre de collaborer avec les Britanniques pour que Jack évite la torture. Flint, lui aussi, veut libérer Jack et récupérer le trésor. La cheffe des esclaves décide d'aider Flint...

Jack Rackham a été arrêté par Woodes Rogers, qui tente de l'emmener à La Havane afin de le remettre aux autorités espagnoles, en même temps que la part manquante du trésor de l'Urca de Lima. Mais le trajet s'avère très périlleux car James Flint a la ferme intention de récupérer Jack et les perles...

Pendant que les hommes de Flint tentent d'élaborer un plan pour faire évader Charles Vane, le gouverneur Rogers, malade, se repose sur Eleanor Guthrie. Pour faire face au risque de révolte à Nassau, le procès de Vane et son exécution sont décidés pour le lendemain. Pendant ce temps, Flint rejoint son île...

Rogers se met en ordre de bataille pour affronter les pirates, tandis que Bonny et Rackham font face à des défis insurmontables. Silver exige des réponses de Flint et Billy couronne un roi...