Charlie Wagner, une jeune biologiste marin, est affectée dans un avant-poste isolé des îles Shetland. C'est là qu'elle découvre de grandes quantités de glace de méthane à la surface de l'eau. Or on n'en trouve qu'à de grandes profondeurs. Peu après, d'étranges incidents se produisent un peu partout dans le monde.

Le dérèglement se propage. Des baleines se mettent à attaquer des touristes au Canada. Pendant ce temps, en France, les homards sont devenus mortels pour les humains. C'est alors que docteur Johanson, un scientifique suédois, découvre que les fonds marins commencent à être infestés par des vers des glaces agressifs.

Cette fois, c'est à Venise que l'alerte est donnée. La vénérable Cité des doges est la proie d'une invasion de méduses extrêmement dangereuses. La biologiste Cécile Roche émet une hypothèse audacieuse. Pendant ce temps, la meilleure amie de Charlie Wagner disparaît avec son navire de recherche.

Cécile Roche recommande de suspendre immédiatement toutes les activités de pêche au large. De plus elle lance une mise en garde à la population contre l'utilisation de l'eau du robinet. La situation de Venise devient critique pour ses habitants. En Afrique du Sud, des crabes blancs prennent les côtes d'assaut.

Cécile Roche met en lumière un facteur commun entre les crabes qui envahissent les côtes et les homards qui provoquent des décès. Sigur Johanson fait part à Riku Sato des découvertes troublantes qu'il a faites sur les vers de glace. Celui-ci lui révèle alors ce que Leon Anwak a appris sur les cétacés.

Après avoir entendu le cri d'alerte lancé par le professeur Roche devant le Conseil international pour la protection des océans et avoir étudié les découvertes de Leon Anawak, Sigur Johanson décide de réunir les différents chercheurs travaillant sur le sujet afin de mettre leurs trouvailles en commun.

L'expédition se rend en Arctique, là où ont été relevés le plus de sons émis par le Yrr. Une fois sur place, Samantha et Leon établissent le contact avec cet organisme qui semble doté d'intelligence. Cécile et Sigur progressent dans leurs recherches sur la façon dont le Yrr prend le contrôle des espèces.

Aito Mifune rejoint l'équipe de scientifiques à bord du Thorvaldson. Le professeur Johanson lui explique la nature du Yrr : un organisme unicellulaire capable de se recombiner en un ensemble multicellulaire. Pendant ce temps, Cécile Roche tente de trouver un moyen d'inverser le processus de contamination qui affecte Alicia Delaware.