En France, la proclamation d'une République et la chute soudaine de Napoléon III sèment le trouble jusqu'à Vienne. En conséquence, François-Joseph impose à son fils Rodolphe de débuter sa formation à l'Académie militaire pour se préparer à son futur rôle de monarque, et ce, contre l'avis de Sissi...

Sissi s'échappe avec Rodolphe et pose un ultimatum à François-Joseph : elle ne reviendra qu'à la condition qu'il l'autorise à se charger de l'éducation de leur fils. Au cours du voyage, elle croise Alma, une photographe qui leur vient en aide et les invite sur une île au sud de la France...

Mère et fils retrouvent la sérénité sur l'île et une belle amitié se tisse avec Alma. Pour empêcher une alliance entre l'empire allemand et la Russie, François-Joseph doit demander l'aide de sa mère, avec qui il est en désaccord depuis des années. Un espion lui confie savoir où se cachent Sissi et Rodolphe...

François-Joseph part à la recherche de Sissi et Rodolphe en France et la famille est enfin réunie. Le couple impérial passe une nuit passionnée. Mais l'empereur ramène secrètement Rodolphe à la caserne de Vienne dès le lendemain. Sissi apprend qu'Alma est atteinte d'une maladie incurable et l'accompagne à Paris...

Lorsque Sissi apprend que l'empereur a retiré Rodolphe de l'armée, elle retourne à Vienne et fait ses adieux à Alma, prête à affronter ses responsabilités d'impératrice et de mère. Malgré leurs problèmes relationnels, Sissi et François-Joseph mènent ensemble des négociations d'alliance avec le tsar...

Sissi découvre que son fils a été enlevé par Albert : il ne sera libéré qu'en échange de la vie de l'empereur. Elle s'élance au secours de Rodolphe, suivie de près par François-Joseph. Alors que Sissi parvient à convaincre Albert de libérer son fils, Grünne surgit et sauve le couple impérial...