Après une importante panne d'alimentation, McKay se voit obligé de désactiver les boucliers d'Atlantis, rendant ainsi une partie de la cité vulnérable, au moment même où un astéroïde menace de s'y écraser. Sheppard doit alors mener une mission de la dernière chance avant que le pire ne se produise...

Sheppard pénètre au coeur de la planète des Réplicateurs afin de dérober un E2PZ capable de sauver Atlantis. Le colonel Carter embarque à bord de l'Apollo dans l'espoir de retrouver la cité d'Atlantis...

Ronon retrouve un groupe de Satedans. Par loyauté envers ses anciens compagnons d'armes, il décide de quitter Atlantis pour se joindre à eux. Avant de partir, Ronon accepte une dernière mission : infiltrer un laboratoire wraith. Pendant ce temps, le colonel Carter prend ses fonctions au sein de la cité...

L'équipe aborde une planète recouverte d'une jungle épaisse et découvre un cristal brillant d'une forte lumière près d'un arbre. Sheppard, qui ne peut s'empêcher de le toucher, est projeté en arrière. Lorsque l'équipage remonte à bord de l'Atlantis, plusieurs membres sont victimes de cauchemars effrayants. Il s'agit de savoir rapidement s'ils ont été contaminés par un organisme extraterrestre...

En rentrant d'une mission en solitaire, Sheppard est attaqué. Ses assaillants parviennent à mettre son système de communication hors service, l'empêchant d'alerter l'équipage d'Atlantis. Dans la cité des Anciens, ses amis commencent à s'inquiéter. Ils lancent des recherches qui restent infructueuses...

L'équipage est victime d'un virus qui se propage peu à peu. Les premiers symptômes sont des maux de tête et des vertiges qui ont pour effet la disparition progressive de la mémoire des membres de l'expédition qui en sont atteints. Seuls Teyla et Ronon semblent passer entre les mailles du filet. Il leur faut agir au plus vite, avant que leur mémoire ne soit également effacée...

Teyla Emmagan et le docteur Jennifer Keller visitent Athos. Keller est intimidée à l'idée de rencontrer le peuple de Teyla, qui tenait le docteur Carson en haute estime. Mais la colonie a été désertée, visiblement après une attaque. Il se pourrait fort bien que les Wraith ou les Réplicateurs soient venus sur place pour effectuer des prélèvements ou pour détruire un repaire de résistants...

Teyla part à la recherche de son peuple et rencontre Davos, un mystérieux médium qui prédit un avenir sombre pour Atlantis. Pendant ce temps, Sheppard se voit obligé de s'allier avec les Wraith pour contrer un virus. Celui-ci a été créé pour combattre les Réplicateurs, mais il ne fonctionne pas comme prévu. Woolsey embarque à bord d'Atlantis pour évaluer le travail de Carter...

L'équipe d'Atlantis retourne sur Terre pour retrouver la soeur de McKay, qui vient d'être kidnappée. Sheppard et Ronon réalisent rapidement que cette affaire a un rapport avec les Réplicateurs...

Rodney et Zelenka tentent de comprendre pourquoi la Porte des étoiles d'Atlantis ne fonctionne plus. Ils apprennent qu'un objet s'est écrasé sur la cité : il s'agit d'une sonde qui présente des impacts de balles. Rodney pense que l'objet pourrait avoir été fabriqué par les Réplicateurs. Après quelques incidents, l'équipe se rend compte que le personnel de la base se comporte de manière étrange...

Atlantis fait appel au Dédale et à l'Apollo pour détruire les vaisseaux des Réplicateurs, que l'équipe est maintenant en mesure de suivre à la trace dans la galaxie...

Grâce à l'aide des Wraiths et de Larrin, l'équipe d'Atlantis a réussi à détruire les Réplicateurs. Avant l'anéantissement de leur planète, un vaisseau wraith réussit à s'emparer de deux E2PZ. Une semaine plus tard, McKay capte le signal du mouchard installé sur l'appareil wraith. Toute l'équipe décide de partir à sa recherche. Ils découvrent alors les coordonnées d'une base secrète des Wraiths...

Une procédure de quarantaine se déclenche soudain sur Atlantis. Les membres de l'équipe sont bloqués dans diverses parties de la cité et tentent de comprendre les raisons de la mise en route de ce système automatique de sécurité. Bien vite, la survie du personnel est mise en jeu : les vivres vont manquer...

Sheppard et McKay escortent Harmony, une jeune princesse de 13 ans, qui va prochainement devenir reine mais doit auparavant entreprendre un voyage initiatique. Les deux hommes découvrent rapidement que l'adolescente a un caractère bien trempé. Un groupe de Genii se lance à la poursuite du trio...

Lorsqu'il apprend le décès de son père, Sheppard décide de retourner sur Terre pour assister à ses funérailles, accompagné par Ronon. Sur place, il fait la connaissance d'Ava Dixon. Celle-ci leur apprend qu'elle a crée une créature mi-homme mi-Réplicateur et que celle-ci s'est échappée...

McKay, le colonel Carter et le docteur Keller partent en mission sur une planète dont les habitants ont installé leur campement sur un terrain minier. L'équipe compte leur demander de déménager ailleurs, d'autant que la planète subit plusieurs secousses sismiques par jour. En route, ils tombent tous les trois dans un trou et doivent trouver seuls le moyen de s'en sortir...

La station Midway est infiltrée par un groupe de Wraiths. Ronon est le seul à pouvoir les neutraliser. Il est aidé par Teal'c, qui se trouve là au bon moment. La tension monte lorsque les Wraiths découvrent le code qui leur permet d'accéder à la planète Terre...

Teyla a des visions de Kanaan vivant et la suppliant de ne pas abandonner les recherches. Le docteur Keller découvre l'origine d'une maladie qui se propage et touche plusieurs planètes : il s'agirait d'une protéine élaborée par le peuple Hoffnan pour enrayer le processus alimentaire des Wraiths...

Partis pour sauver Teyla, retenue par Michael, le colonel Sheppard et son équipe découvrent un clone du docteur Carson Beckett. Alors que toute l'équipe est dans un bar, ils sont attaqués par Nabel, une vieille connaissance. De son côté, Teyla retrouve les rares survivants de son peuple...

Parti à la recherche de Teyla, le colonel Sheppard retourne sur Atlantis. A son arrivée, il découvre une cité abandonnée qui ne se trouve plus au milieu de l'océan mais dans un désert immense. L'hologramme d'un McKay âgé apparaît et lui explique qu'une anomalie l'a envoyé 48 000 ans dans le futur...