Samantha Carter organise une mission pour venir en aide à l'équipe d'Atlantis, ensevelie sous les décombres d'un bâtiment. Parmi ceux qui viennent à la rescousse, Alicia Vega, une nouvelle venue. Michael et sa nouvelle armée, qui retiennent prisonnière Teyla, sur le point d'accoucher, lancent une attaque...

Alors que Woolsey prend ses fonctions à bord de la station, le docteur Keller est victime d'une maladie contractée durant le sauvetage des survivants. Avec les informations collectées dans la base de Michael, elle parvient à synthétiser le sérum dont avait besoin le docteur Beckett pour survivre...

Ronon est capturé par Tyre, qui compte le livrer aux Wraith afin de regagner sa place parmi eux. Pour faire de Ronon l'un des leurs, les Wraiths entament un lavage de cerveau. Sheppard se lance à la rescousse de son camarade. De son côté, Teyla ne sait pas si elle doit reprendre sa place dans l'équipe...

Un vaisseau identique au Dédale apparaît inexplicablement en orbite autour de la Terre. Après être montée à bord de la navette, l'équipe d'Atlantis est subitement transportée vers des dimensions parallèles peuplées par des formes de vie hostiles. McKay doit rapidement comprendre ce qu'il se passe...

Lors d'une expédition, John Sheppard et son équipe rencontrent quelques problèmes avec un jumper et, peu après, la ville est victime des mêmes soucis. Alors que McKay tente de déterminer l'origine de ces incidents, toute l'énergie disparaît d'Atlantis et un message apparaît sur son ordinateur : à l'aide...

Rodney McKay tombe gravement malade et retourne à un état enfantin. Malgré l'aide de sa soeur, il semble condamné. Ronon se souvient d'un sanctuaire où son grand-père avait retrouvé ses esprits le temps d'une journée. L'équipe décide alors d'y emmener McKay afin de pouvoir lui faire ses adieux...

Le docteur Beckett et une équipe d'exploration dirigée par Anne Teldy découvrent un laboratoire wraith sur une planète inconnue. Ils se retrouvent confrontés à des créatures mutantes agressives qui veulent les tuer. Pendant ce temps, Sheppard explore le village voisin, qui semble totalement désert...

Le docteur Keller a mis au point un nouveau rétrovirus qui permettrait aux Wraiths de ne plus utiliser les humains comme nourriture. Todd suggère que Teyla se fasse passer pour une souveraine wraith afin de soumettre le projet à la Reine. Sheppard soupçonne Todd d'avoir une autre idée en tête...

Rodney et Ronon se portent volontaires pour assister le docteur Keller. Une fois sur place, ils sont priés par un enfant d'attendre. Peu après, ils découvrent avec surprise que Keller a disparu. Ronon commence les recherches pendant que Rodney retourne au vaisseau pour obtenir de l'aide...

Daniel Jackson est de retour sur Atlantis car ses recherches suggèrent qu'un scientifique rebelle y aurait un laboratoire secret. Décidé à retrouver cette cachette, il sollicite l'aide de McKay. Ils localisent l'endroit où se situe le laboratoire, activant par mégarde un signal vers une planète lointaine...

McKay et Daniel Jackson se retrouvent dans un entrepôt ayant appartenu à Janus. Ils y font la connaissance d'un Asgard qui a pour but d'éliminer les Wraiths de la galaxie. Contre l'avis de Daniel, McKay active l'arme de Janus. L'Asgard sait que son espèce se meurt et pense qu'il ne leur reste pas assez de temps pour trouver une autre solution...

L'équipe de Sheppard localise le docteur Beckett sur une planète où il soigne des survivants de l'empoisonnement à la drogue Hoffan. Ces patients, des Balarans, ont échappé de peu à une attaque des Wraiths et trouvé refuge sur une autre planète. Mais des guerriers wraiths sont à leur poursuite...

L'équipe de Sheppard part négocier avec une coalition de peuples humains de la galaxie Pégase. Sur place, les Terriens constatent qu'ils ont été attirés là pour participer à leur propre procès. Ils sont notamment accusés d'avoir créé Michael et doivent s'expliquer sur la drogue Hoffan, qui cause des ravages sur de nombreuses planètes...

Avec ses hybrides, Michael réussit à s'emparer de la salle de contrôle d'Atlantis. Il active un champ de protection afin d'empêcher quiconque d'atteindre la salle de la Porte des étoiles. Il souhaite à tout prix récupérer Torren, le bébé de Teyla, avant d'enclencher l'autodestruction de la cité...

Alors que Sheppard a été enlevé sur le continent et que Woolsey rencontre la mystérieuse docteur Conrad, McKay et Zelenka font une découverte sur la nature d'une ancienne espèce ayant vécu sur Atlantis. En scannant le fond des océans, les deux scientifiques ont, en effet, localisé un curieux objet...

Rodney McKay est invité sur Terre à participer à une présentation scientifique de la plus haute importance, organisée par un ancien rival de l'université. Il décide de s'y rendre en compagnie du docteur Jennifer Keller, qu'il fait passer pour sa petite amie. Une fois de retour sur la Planète bleue, les événements ne se déroulent pas exactement comme le prévoyaient les deux scientifiques...

Un rétrovirus proposé et élaboré par le docteur Keller provoque la mort des Wraiths. Contaminé à son tour, Todd se met en stase dans l'espoir de stopper l'infection et dirige son vaisseau vers Atlantis pour demander l'aide des humains. Pourront-ils mettre un terme à cette terrible pandémie meurtrière ?...

Le comportement de Jennifer Keller inquiète ses collègues, qui demandent à Carson Beckett de l'examiner. Les premiers résultats ne démontrent rien d'anormal. A son insu, l'esprit de Keller s'est retrouvé prisonnier de l'enveloppe corporelle de Neeva Casol, une criminelle qui s'apprête à être exécutée...

Dans le désert bordant la ville de Las Vegas, un corps est découvert. Il semblerait qu'il s'agisse de la septième victime d'un tueur en série. L'inspecteur John Sheppard mène l'enquête...

Todd contacte Atlantis pour les prévenir qu'un Wraith a réussi à obtenir plusieurs générateurs pour alimenter un nouveau vaisseau ruche. Il presse alors Woolsey d'attaquer et de détruire l'engin. En analysant un message, McKay réalise que les Wraiths ont réussi à dénicher les coordonnées de la Terre...