Black Rock Shooter Dawn Fall

Vingt ans après la faillite du projet Elysion qui a laissé la Terre en ruines, une jeune fille nommée Empress se réveille dans un centre de recherche souterrain, sans aucun souvenir de son passé. Empress rencontre Norito et Miya et, ensemble, ils se dirigent vers la surface. Mais ils sont attaqués.

Empress ramène Norito et Miya dans leur village de montagne, mais ils sont attaqués par Strength, une ex-alliée. Ils fuient cette bataille perdue d'avance et Empress est chargée de récupérer des provisions dans les ruines d'un hôpital proche, où se trouve un dangereux nid de machines.

Empress et les autres se dirigent vers la garnison des Forces de consolidation de la paix. Ils y trouvent des véhicules appartenant au culte de l'Institut éducatif. S'apercevant qu'ils sont poursuivis, Empress n'hésite pas à les affronter. Mais en fait, ils recherchent Momiji, qu'Empress et les autres s'empressent de secourir. Momiji a, elle aussi, une mission de sauvetage en vue, qui concerne un train blindé.

Empress et les autres apprennent du major Volt qu'il ne leur reste qu'un mois avant que l'Ascenseur orbital ne soit terminé. Dead Master engage des négociations, mais une embuscade se produit. Charlotte, une humaine améliorée, est envoyée par l'Institut éducatif. Empress tente une contre-attaque, mais le colonel l'arrête.

Une rencontre fortuite pousse Norito à demander de l'aide à Strength. Il veut qu'elle appelle Empress, car Miya a été enlevée par l'Institut éducatif et est utilisée comme récompense dans un jeu. Mais des soldats débarquent, et Strength doit sacrifier une partie de son bras. La personnalité de Strength change.

Strength et Norito font irruption à bord du porte-avion ennemi pour sauver Miya. Empress et les autres engagent le combat avec un escadron de véhicules gardiens armés. Dans le laboratoire du porte-avion, ils découvrent les cadavres de jeunes filles mortes, empilés comme des déchets après l'échec de leurs tests de compatibilité. Ils retrouvent Miya, ligotée, mais aussi Lunatic, l'avatar d'Artémis.

Après être tombé en panne, Black Trike leur annonce qu'il ne peut pas se réparer tout seul. Monica se charge donc des réparations et ils se rendent à la bibliothèque des Forces de consolidation de la paix pour trouver les pièces. Sur place, ils rencontrent un androïde bibliothécaire, Andy. Monica repère une information dans le dossier de la femme du colonel, Jessica. Elle est sur le point d'en découvrir davantage quand elle glisse subitement et s'écrase au sous-sol.

Plus que deux semaines avant que le câble de la Lune ne se connecte à l'Ascenseur orbital. Si Empress et les autres arrivent à détruire l'Ascenseur orbital avant ça, ils pourront sauver l'humanité. Cependant, ils doivent traverser l'océan de Fer, ce qui les conduit à détecter de puissantes matières organiques.

Un réajustement du corps physique d'Empress l'aide à se remettre d'une fièvre. Elle se réveille à l'endroit même qu'elle cherchait : le phare numéro 8. Là, ils ne trouvent aucune information concernant les unités Hermiteos, mais Strength découvre un indice qui les mène à un autre laboratoire dans un autre phare numéro 8, où ils trouvent un centre de stockage de données. Parmi ces données, quelqu'un a glissé un message.

La bataille se poursuit sur les ruines du phare numéro 8. Lunatic, qui observe la lutte, tire un puissant rayon vers la surface. Pendant ce temps, le colonel est attaqué par Charlotte dans la salle de compatibilité du laboratoire. Alors qu'il est en mauvaise posture, Empress intervient et sauve le colonel d'une mort imminente.

Le colonel reçoit un message indiquant que l'océan de Fer se répand, ce qui provoque le chaos. Malgré la nouvelle de la connexion de l'Ascenseur orbital, le colonel annonce à tous que son plan est d'amener Empress suffisamment près pour qu'elle le détruise. Au tout dernier moment, les Forces de consolidation de la paix lancent leur offensive de bombardements et la bataille finale commence.

La bataille finale se déroule dans des terres désolées. Empress rejette l'offre de Lunatic et lui fait savoir qu'elle combattra jusqu'au bout. Le colonel est confronté à un assaut massif de drones et affronte la mort. Strength et Dead Master subissent également de lourds dommages et l'armée est presque détruite. Existe-t-il encore une issue à cette situation désespérée ?