Premier épisode de la saison. Environ trois mois après les évènements du dernier épisode de la saison un, l'USS Cerritos se voit confier une mission qui le met en contact avec une "étrange énergie".

Nos héros du pont inférieur ont du mal à se lier avec l'enseigne Jet Manhaver, qui s'est vu attribuer la couchette de Boimler et ses tâches. Parallèlement, on découvre la vie de Boimler sur l'USS Titan, qui est plus intense qu'il ne le pensait.

Lorsque le Dr T'Ana lui confie une mission spéciale, Tendi embarque Mariner pour l'aider. Sur l'USS Cerritos, Rutherford est dévoré par l'envie de connaître le mystère d'un membre de la passerelle.

L'USS Cerritos est dépêché sur une planète pour enquêter sur la curieuse apparition d'un dangereux Mugato.

Mariner et Boimler essaient de découvrir où se tient la légendaire fête Starfleet pendant que l'équipage de la passerelle doit gérer un diplomate extraterrestre qui manque de confiance en lui.

La fusion d'anomalies sur le Cerritos provoque des réactions diverses au sein de l'équipage du pont inférieur. Le capitaine Freeman tente de négocier la paix sur la planète mère des Pakleds.

Mariner et Boimler se retrouvent échoués sur une planète inhabitée avec un ordinateur conscient. Sur le Cerritos, le lieutenant commandeur Billups doit prouver son talent d'ingénieur à un vieil adversaire.

Une instructrice arrive sur l'USS Cerritos pour effectuer des exercices qui obligent l'équipage du pont inférieur et celui de la passerelle à échanger leurs fonctions.

Boimler essaie de se faire pote avec un gradé pendant que l'équipage de l'USS Cerritos bénéficie d'une pause pendant un long trajet en distorsion.

Dans le dernier épisode de la saison 2, l'USS Cerritos est chargé d'aider un autre vaisseau spatial dans une mission de premier contact.