L'équipe du NCIS enquête sur l' explosion mortelle d'une voiture à Washington, liée à l'agent spécial du NCIS Nicholas "Nick" Torres, disparu il y a six mois lors d'une mission d'infiltration en Argentine.

Le NCIS découvre un complot d'attentat et un réseau de vol tout en enquêtant sur un décès lors d'une réunion à Quantico. Torres et Quinn s'adaptent à l'équipe de Gibbs, y compris à la nouvelle disposition des sièges dans la salle de réunion."

Lorsque l'équipe du NCIS enquête sur la chute tragique d'un sergent des Marines, son médecin, Grace Confalone, se confie à Gibbs et lui suggère de traiter l'affaire comme une enquête pour meurtre. De plus, Torres cherche un endroit pour vivre.

Après la découverte du corps d'un lieutenant de la Navy à bord d'un destroyer pendant une croisière tigre, au cours de laquelle des invités civils sont autorisés à passer la nuit sur le navire, Gibbs, Quinn et Palmer partent en mer pour enquêter.

Lorsqu'un agent du MI6 disparu est lié à l'assassinat d'un quartier-maître, Gibbs envoie Quinn et Bishop à Philadelphie pour travailler avec Clayton Reeves du MI6. Quinn relate l'affaire du NCIS qui l'a poussée à quitter ses activités sur le terrain.

"Après qu'un quartier-maître a échappé à son ravisseur, le NCIS découvre un lien avec son mari disparu. De plus, Abby tricote des cadeaux personnalisés pour les petits nouveaux du NCIS."

Torres rompt le protocole quand il apprend qu'un témoin dans une affaire du NCIS est recherché par les services d'immigration. Abby, Bishop et McGee courtisent le propriétaire Tony DiNozzo Sr. afin de sous-louer l'appartement de Tony.

L'agent Bishop remet en question son travail à la NSA, après avoir été envoyée à Guantánamopour rassembler des preuves dans le cadre du meurtre d'un aumônier de la Navy.

L'équipe du NCIS enquête sur une série de menaces accrues à l'encontre de Jenna Flemming, membre du Congrès, tandis que le directeur Vance supervise une protection temporaire.

Après que le NCIS a des preuves liées au meurtre d'un capitaine de la Navy et de la mère décédée de Ducky, ce dernier réfléchit et remet en question un choix de vie fait il y a 37 ans.

Le NCIS cherche des pistes après qu'une opération d'infiltration visant à appréhender un homme d'affaires ayant recours à des actes terroristes pour manipuler le marché boursier a été compromise. Bishop et Qasim trouvent une faille dans l'affaire.

"Après que Gibbs a repéré le frère d'un des suspects les plus recherchés par le NCIS, il prend son ancien pseudonyme et s'infiltre dans l'infâme milice anti-gouvernementale. Bishop et Reeves s'associent pour une enquête hors des sentiers battus."

Au cours d'une enquête du NCIS sur un délit de fuite, Palmer trouve un inconnu sur le rebord extérieur d'un immeuble et tente de lui sauver la vie.

Le meurtre d'un quartier-maître dans une petite ville près de Washington pousse le NCIS à retravailler avec les "Sherlocks", une équipe d'enquêteurs financée par des fonds privés, dont le nouveau membre, Anthony DiNozzo, père, fait partie.

Après que le groupe de réflexion d'Abby sur la sécurité intérieure a été compromis et qu'elle a été trouvée en possession d'une bombe, l'équipe du NCIS découvre que le chef du groupe a été assassiné et qu'un manuel sur le terrorisme a été volé.

Bishop est plus déterminée que jamais à se venger du meurtre de Qasim, son défunt petit ami, après que Gibbs et l'équipe ont trouvé une nouvelle piste dans l'affaire Chen. Torres enseigne aux agents l'art du pickpocket.

McGee découvre que son appartement a été mis à sac par un voleur qui tentait de localiser un objet de valeur caché par le criminel condamné qui était l'ancien propriétaire du logement.

"Pour réaliser la dernière volonté d'un marin, Gibbs et l'équipe du NCIS enquêtent à nouveau sur une affaire de meurtre qui avait été initialement classée comme une mort accidentelle. L'affaire rappelle à Torres un moment tragique de son passé."

Lorsqu'un Marine est assassiné lors d'un événement pour le Honor Flight Network, le NCIS doit compter sur un vétéran du Vietnam, Henry Rogers, pour fournir des informations sur les allées et venues de la victime tout au long de la journée.

Après que l'ordinateur portable d'un vice-amiral a été infecté par un rançongiciel, il fait appel à McGee et à l'équipe du NCIS pour traquer le pirate informatique avant que le virus n'élimine ses fichiers personnels et professionnels.

Torres doit se fier à des notes d'enquête et à des contacts suite au meurtre d'un Marine lié à un gang de motocyclistes qu'il a rejoint lors d'une opération d'infiltration d'un an.

L'équipe s'associe à la police montée pour résoudre une série de meurtres dans un parc national.

Le stress lié à l'imminence du mariage de McGee et Delilah fait des ravages, et Delilah doit être hospitalisée d'urgence. Le NCIS part en mer après la mort dans son sommeil d'un jeune quartier-maître en bonne santé à bord d'un destroyer de la Navy.

Gibbs, McGee et Torres se rendent dans une région reculée du Paraguay, contrôlée par un groupe de rebelles, pour tenter de retrouver un Navy Seal disparu lors d'une mission non reconnue.