Lenny Belardo est le premier pape américain de l'Histoire. Sa jeunesse et sa beauté semblent avoir joué en sa faveur au moment de son élection par le Collège des Cardinaux. Mais derrière les apparences, le Pape Pie XIII va s'avérer le plus mystérieux et contradictoire des dirigeants de l'Eglise Catholique...

Pie XIII continue d'imposer ses choix. Il annonce à Sofia Dubois, en charge du marketing du Vatican, qu'il n'apparaîtra jamais en public et n'autorise aucune reproduction de son image. Voiello s'inquiète de ces prises de positions. Le cardinal secrétaire d'Etat entreprend de fouiller le passé du souverain...

L'homélie inaugurale de Pie XIII ne laisse planer aucun doute : le nouveau pape se révèle ingérable. Le Vatican prend peur, et le monde catholique frémit. On suggère la démission du cardinal secrétaire d'Etat. Voiello propose alors au pape de le représenter lors d'une conférence de presse...

Pour jeter le discrédit sur le souverain pontife, Voiello projette de faire éclater un scandale, en utilisant la belle et pieuse Esther comme appât.

Alors que le père Tommaso met Lenny en garde au sujet de l'amitié qui l'unit à Esther, Voiello se voit contraint à une remise en question totale.

Le Vatican se trouve fragilisé par les positions radicales de Lenny, qui ne parvient pas à rassembler ses fidèles, neuf mois après son élection.

Lenny passe de plus en plus de temps avec Esther et sa famille, heureux de se retrouver dans l'intimité d'un foyer. Voiello et le cardinal Spencer tentent de trouver un moyen de le pousser à la démission. Dussolier se sent responsable de la mort tragique du jeune Angelo, rejeté par l'Eglise...

Alors qu'il traîne sa mélancolie à Castel Gandolfo, Lenny décide de se rendre en Afrique, suivant les recommandations de Sofia. Lors de ce premier voyage pastoral, Lenny fait la connaissance de soeur Antonia, fondatrice des Villages de bienfaisance. Devant les officiels et les fidèles, il crée la surprise...

Séduits par la visite du Pape en Afrique, les fidèles se font plus nombreux. A New York, Gutierrez s'inquiète pour sa mission : parviendra-t-il à récolter des preuves assez solides pour faire tomber le cardinal Kurtwell, soupçonné d'abus sexuel ? Une visite inattendue lui offre de nouvelles perspectives...

Lenny prévoit un voyage à Venise, la ville où ses parents se seraient réfugiés après l'avoir abandonné. Il compte y faire, pour la première fois, une apparition publique. Il fait par ailleurs une proposition alléchante à Gutierrez : reprendre le poste de Mary, qui s'apprête à partir pour l'Afrique. Le cardinal acceptera-t-il de devenir son secrétaire particulier ?...