Didier Mathure, brillant ingénieur spatial, ne s'est pas encore remis de l'explosion de sa fusée CRISTAL qu'il est nommé contre son gré à la tête du GEPAN, groupe d'étude des phénomènes aérospatiaux non-identifiés. Une pluie de flamants roses est à l'origine du premier mystère qu'il doit élucider.

Didier doit composer avec sa nouvelle équipe : Marcel croit que les cartes postales envoyées par l'ancien directeur sont codées, Rémy s'enthousiasme d'un potentiel atterrissage extraterrestre et Véra répond aux appels de témoins de phénomènes non-identifiés. Une commission enquête sur l'explosion de la fusée CRISTAL.

Le GEPAN se prépare aux grandes rencontres ufologiques où l'équipe doit faire bonne figure. Didier se résout à accepter un marché avec la commandante Delbrosse. Marcel se confie à Didier : les cartes postales envoyées par l'ancien directeur du GEPAN permettent d'identifier des témoins d'un phénomène inconnu.

La disparition de Hatchepsout, le flamant rose, plonge Didier et Véra dans le désarroi. Ils restent incapables de comprendre où il est passé. Marcel, lui, est persuadé que la disparition de quatre témoins est le résultat d'un complot militaire. Didier réalise qu'il a été pris dans une distorsion temporelle.

Déçue, Véra démissionne du GEPAN et se tourne vers Zorel, fondateur de l'Ordre Cosmique. Didier et Marcel tentent de retrouver une cassette vidéo montrant les événements survenus à Gondrecourt. Rémy, lui, enquête sur un étang dont l'eau a été transformée en un gigantesque tas de chaussures.

Didier se retrouve face à la commission d'enquête chargée d'évaluer sa responsabilité dans le désastre de la fusée CRISTAL. Il constate que son ancienne épouse, Elise, en fait partie. Pendant ce temps, Zorel se dit prêt à livrer au GEPAN le film recherché par l'armée, qui serait la preuve d'un phénomène ovni, à condition que Didier l'aide à prendre la fuite.

Les témoins disparus refont surface tandis que Didier s'interroge sur ce phénomène inconnu qui génère des perturbations électromagnétiques et influe le cours du temps. Véra et Rémy tentent de percer le mystère de l'étang de chaussures. L'étau se resserre autour de Didier : s'il veut rejoindre Elise et travailler sur le projet aérospatial ARIANE, il a un mois pour fermer le GEPAN...

Le commandant Delbrosse pose à Didier un ultimatum pour qu'il prouve que la menace ovni est bien réelle. Elise et Didier se remettent à travailler ensemble mais Elise s'inquiète en voyant que Didier commence à croire à la possibilité d'une vie extraterrestre. Véra va à la rencontre d'un des témoins qui a été en contact avec le phénomène pour comprendre ce qu'il a vécu...

Suite au crash d'un satellite que tout le monde prend pour l'explosion d'une soucoupe volante, Didier est l'invité du journal de 20 heures. Rémy a peur d'être accusé de la destruction du satellite et de perdre son poste. Véra pense que la clé du mystère se trouve dans les souvenirs des quatre témoins...

Le bureau est en ébullition : alors qu'ils cherchent à établir un lien entre les quatre témoins du phénomène, un jeune réalisateur américain débarque au GEPAN, où il veut tourner son prochain film sur les ovnis. Didier fait tout pour l'en dissuader, au risque de se mettre à dos l'équipe. Didier et Elise essaient de tempérer la rébellion de leur fille Diane...

Didier et Véra déchiffrent le message reliant les témoins du phénomène. En enquêtant sur un crop circle dans un champ de maïs, Marcel découvre l'existence d'un prototype d'arme à micro-ondes. Il pense qu'ils se sont faits berner par le Commandant Delbrosse. Didier déchante. Véra continue à croire que les faits surnaturels auxquels ils ont été confrontés ont pour point commun Didier...

L'équipe est sous le choc : elle a découvert le rapport de Didier qui recommande la fermeture du GEPAN. Didier décide de démissionner. Elise et Didier trouvent la cause de l'explosion de la fusée Cristal. Didier comprend qu'une attaque de grande ampleur va avoir lieu le jour d'une manifestation au Larzac à laquelle sa fille assiste. Didier part pour la sauver...