Au Mali, dans la région de Mopti, où des troupes françaises sont déployées dans le cadre de l'opération Barkhane. Lors d'une mission de routine à la rencontre de la population locale, des hommes de la section du lieutenant Anaïs Collet tombent dans une embuscade...

Alors que le débat s'installe autour de la légitimité du coup de feu de Ravalet lors de l'embuscade, la famille du jeune Malien tué vient récupérer le corps pour les obsèques. Elise, la journaliste, s'intéresse d'un peu trop près aux yeux de Lefort à ce qui a pu se passer lors de l'embuscade.

Des coups de feu se font entendre à Makou, village peul à proximité de la base militaire française. Anaïs veut s'y rendre malgré le refus de la hiérarchie, qui souhaite d'abord s'assurer qu'il s'agit bien d'actes des groupes armés terroristes. Sur place, elle découvre un massacre orchestré par les Dogons.

Traoré, gendarme malien, enquête sur les auteurs du massacre de Makou et demande l'aide de l'armée française. Lefort dépêche Anaïs et quelques hommes en soutien léger, pour éviter que les terroristes recrutent dans la population affaiblie. Ravalet et Mendy font équipe pour localiser un groupe armé terroriste.

L'enquête de Traoré continue et conduit Anaïs et ses hommes sur la piste des auteurs du massacre de Makou. De leur côté Ravalet, Romani, et Djibril sont bloqués en plein désert, leur véhicule étant en panne. Les tensions déjà vives entre eux sont exacerbées par l'annonce de la mort de la mère de Djibril.

Anaïs est ramenée à la réalité des luttes intestines maliennes lors de l'enquête qu'elle mène avec Traoré. L'issue va peser lourd sur le moral de la jeune lieutenante. Pendant ce temps, tous les soldats et l'état-major français sont mobilisés par l'enlèvement d'Elise. Sa disparition inquiète beaucoup Lefort.

Retrouver Elise saine et sauve, c'est le but de l'Etat français en ce moment. Anaïs et sa section sont à la recherche d'informations. Bafouant les ordres de sa hiérarchie, la jeune lieutenante finit par localiser elle-même l'otage et doit intervenir, une situation peu commune pour des soldats de l'armée de terre.