L'équipe du FBI et Megan Smitty Garretson, le nouvel officier de liaison d'Europol, enquêtent sur le meurtre d'un agent fédéral américain qui travaillait à Paris. Au moment de son décès, il enquêtait sur les activités d'une société américaine soupçonnée de participer à un vaste trafic d'armes.

Lorsqu'un prédateur local commence à s'en prendre à des Américaines mineures, la Fly Team tente de faire passer le délinquant devant la justice avec l'aide d'une de ses victimes, Charlotte Weston. Mais la mère de la jeune fille refuse qu'elle soit mêlée à l'enquête. Kellett décide de trouver un colocataire.

L'équipe est en route pour Majorque, où une Américaine a été assassinée sur la propriété de son beau-père, le riche et puissant Ronen Sofer. Si la police locale pointe du doigt un groupe de manifestants qui avait protesté devant la villa de Sofer, la Fly team ne se satisfait pas de ces conclusions.

Emily Reid, une ex-membre des forces militaires navales, est arrêtée à l'aéroport d'Istanbul, accusée de faire de la contrebande d'antiquités. L'équipe d'agents d'élite de la division internationale du FBI entame une course contre la montre pour prouver son innocence et obtenir sa libération.

L'équipe est à la recherche de Cosmina Dalca, une mère porteuse roumaine qui a disparu à Bucarest juste avant de mettre au monde l'enfant biologique d'un couple d'Américains, Dennis et Amy Palmer. La Fly team retrouve Cosmina dans une gare, mais le bébé a disparu. Forrester s'inquiète concernant la sécurité de ses voisins, à Budapest.

Paige Taylor, l'amie et mentor de Vo quand elle était dans marine, lui demande une faveur : elle a besoin d'aide pour retrouver Cody, son neveu adolescent, disparu en Crète. Vo, Kellett et Smitty se rendent sur place. En enquêtant avec la police locale, ils découvrent que Cody a sans doute été kidnappé.

A Barcelone, le garde du corps et la petite amie de Brent Remis, un homme d'affaires américain, sont kidnappés sous ses yeux. Les agents du FBI fouillent dans la vie de Remis et découvrent que son entreprise n'a aucune activité réelle. Celui qui se fait passer pour une victime est en fait un petit escroc.

L'équipe enquête sur la mort mystérieuse de Jocelyn Bell, un mannequin américain, dont le corps a été retrouvé au pied d'un balcon à Milan. La police locale, qui considère qu'il s'agit d'un suicide, s'apprête à classer le dossier. Pour approcher un suspect, un homme d'affaires italien, Vo se lance dans une mission d'infiltration. L'arrivée de Dandridge prend Kellett complètement au dépourvu.

Les agents de la Fly Team parcourent les rues de Budapest afin d'empêcher un vol d'art majeur sur le point d'être orchestré par Michael Semien, un Américain recherché par la police depuis des années. Forrester est de plus en plus irrité par la présence de Dandridge, qui surveille l'équipe.

Derrin Vaughan, un basketteur américain jouant pour une équipe lituanienne, fait un arrêt cardiaque lors d'un match disputé à Belgrade. Bryan Moncrief, un de ses coéquipiers, est arrêté pour s'être précipité à son secours. La Fly Team enquête aux côtés de Zoey McKenna, le nouvel agent nommé par Dandrige.

L'équipe du FBI est chargée de retrouver Katie Walsh, une adolescente américaine. Disparue dans le Minnesota en 2012, celle-ci est soudain réapparue en Autriche, visiblement effrayée. Depuis, Katie reste introuvable. Pendant ce temps, Forrester voit approcher le moment de sa réaffectation.

La Fly Team retrouve Katrin Jaeger à Berlin pour enquêter sur le meurtre d'un Allemand par un Américain, Paul Kennard. Les investigations révèlent le passé de la victime qui était un ex-agent d'élite de la Stasi. Kennard, lui, est né en ex-Allemagne de l'Est et a été adopté après la mort de ses parents.

La Fly Team enquête sur la mort de Neil Cobb, un avocat américain tué dans l'explosion de sa voiture à Budapest. Les agents du FBI, tout comme la police locale, pensent que ce meurtre pourrait être lié à un procès en cours. Neil Cobb représentait une entreprise poursuivie pour avoir mis en danger ses salariés. Au cours de l'enquête, Kellett se rapproche du lieutenant hongrois Benedek Erdos.

La Fly Team se rend au Maroc après qu'un vol commercial New York-Athènes a été obligé de se poser en urgence en raison d'une alerte à la bombe. Les enquêteurs découvrent rapidement qu'il n'y a jamais eu d'engin explosif à bord de l'avion. La mafia a utilisé cette alerte pour détourner l'attention et kidnapper un des passagers, l'agent de la DEA Mike Kemp.

La Fly Team aide la police hongroise lorsque l'un de ses officiers est accusé du meurtre d'un couple à Budapest. L'analyse des images des caméras de vidéosurveillance du quartier révèle que Ben Erdos, le petit ami de Kellett, était proche du lieu du crime très peu de temps après le double homicide.

L'équipe se rend à Vienne pour trouver l'auteur d'une attaque à l'acide perpétrée contre Nicolette Clark, une danseuse étoile américaine. Les agents découvrent alors les coulisses du monde du ballet et ses rivalités assassines. Smitty rencontre son contact russe qui lui communique des informations troublantes.

L'équipe se rend à Vienne pour trouver l'auteur d'une attaque à l'acide perpétrée contre Nicolette Clark, une danseuse étoile américaine. Les agents découvrent alors les coulisses du monde du ballet et ses rivalités assassines. Smitty rencontre son contact russe qui lui communique des informations troublantes.

L'équipe tente de protéger Forrester de Vlad Pavlovic, un tueur à gages qui vient de s'évader de prison et cherche à se venger de lui. La CIA met Forrester en contact avec un certain Pavel Novikoff qui lui révèle le plan du fugitif. Mais l'équipe en vient à remettre en question la fiabilité de ces informations.

La Fly Team se rend à Stockholm pour aider la police locale dans son enquête sur le meurtre de Hugo Rojas, un touriste américain. S'il ne fait aucun doute que la victime a été tuée par des hooligans, les investigations révèlent que plusieurs des agresseurs font partie d'un groupuscule ultranationaliste.

Philippe Morand dérobe une liste de clients pratiquant l'évasion fiscale à la Banque de Genève. La Fly Team collabore avec un procureur suisse pour capturer Morand avant qu'il ne divulgue l'identité des fraudeurs. Les agents réalisent rapidement que le voleur est également traqué par un tueur à gages.

Alfonso Mendes, employé dans un hôtel à Cascais, est assassiné. La Fly Team s'envole pour le Portugal où elle enquête sur les employeurs de la victime, la riche famille Prescott. Les agents du FBI découvrent que la victime entretenait une liaison avec Alexis, l'héritière de l'empire hôtelier.

Un missile nucléaire russe est volé et mis en vente sur le marché noir à Budapest. Un informateur de Kellett révèle que l'acheteur potentiel de l'engin est Yusif Sydin. L'équipe du FBI doit retrouver le missile avant qu'Olivia Thornton, une mystérieuse intermédiaire américaine, ne le remette à Sydin.