Suite à la crise cardiaque de Dan, Lucas et Keith retournent à Tree Hill, et Peyton et Brooke se réconcilient. Mais Deb explose de colère en découvrant l’existence d’une nouvelle Madame Scott : Haley, la femme de son fils.

C’est la fête ! Lucas, Peyton et Brooke organisent une réception de mariage pour les jeunes mariés. Pendant ce temps, on dirait que Deb et Dan ont échangé leur personnalité : elle n’arrête pas de semer la zizanie, alors que lui, est tout câlin.

Une fête d’enterrement de la vie de garçon après le mariage? Tim offre à Nathan la réception d’enterrement de vie de garçon qu'il mérite et Brooke organise la fête d’enterrement de vie de jeune fille pour Haley. Nathan commence à travailler pour Keith.

Dan a récupéré et sa personnalité de manipulateur reprend le dessus. Il n’est pas le seul à ne pas savoir se comporter : Brooke fait un vol à l’étalage quand ses parents, autrefois fortunés, sont au bord de la faillite.

Félix organise une soirée défis au cours de laquelle les jeunes de Tree Hill prennent des risques fous dans toute la ville. Les adultes s’essaient aussi à quelques audaces : Karen sort avec son professeur de commerce et une belle cliente flatte Keith.

Tree Hill se met à ressembler à l’Arche de Noé. Lucas et Anna, Brooke et Felix, Haley et Nathan, Jules et Keith, Karen et Andy, Deb et Dan – ils vont tous par paire.

C´est l’ouverture du Tric, le club de Karen, et ils sont tous là. Peyton dirige le spectacle, Brooke est saoule, Lucas et Félix se bagarrent et Haley qui a le trac fait ses débuts sur scène… et enflamme la foule.

Au cours d’une pyjama party, les filles de Tree Hill échangent leurs secrets. En allant à une partie de basket, Nathan et Lucas parlent du problème de l’héritage de la déficience cardiaque génétique de Dan. Nathan passe un examen mais Lucas s’y refuse.

Les garçons en smoking, les filles en robe de soirée et tout le monde est en plein tourment émotionnel. Le bal du lycée Tree Hill aurait dû être la plus belle soirée de l’année mais la drogue, les mensonges, les jalousies et les souvenirs gâchent la fête.

Paroles agressives, actes agressifs. Karen exclue Lucas de l’équipe de basket, Nathan menace Chris, et Peyton prend une mesure draconienne quand quelqu’un lance la rumeur concernant son homosexualité.

Retour à Tree Hill. Taylor, la soeur irresponsable de Haley, s’installe chez le jeune couple, soumettant à rude épreuve leur mariage déjà ébranlé. Et l’univers de Peyton s’illumine quand Jake revient à la charge… avec une demande inattendue.

Brooke organise une contestation sur son lieu de travail. Keith demande à Jules de l’épouser, mais il ignore que Dan l'a engagée pour le séduire.

On dirait que tout le monde bouge. Taylor s’en va, Haley part en tournée avec Chris, Brooke est candidate à l’élection du président du conseil des élèves et Lucas accepte d’emménager avec Dan s’il promet de cacher quelques secrets douloureux.

C´est vrai : n’importe qui peut être président ! Grâce à Mouth, Brooke gagne l’élection. Pendant ce temps, Nathan perd le moral. Avec le départ de Haley, il se met à déprimer... et à rendre Lucas responsable de son malheur.

Les élèves de Tree Hill se filment pour laisser un témoignage à ne dévoiler que dans 50 ans, les joies et les craintes qu’ils expriment se prolongent dans leur vie. En état d’ébriété, Nathan et Lucas ont un accident de voiture et se retrouvent en prison.

Pour le meilleur et pour le pire, le jour du mariage de Keith et Jules rapproche tous les couples : Jake et Peyton, Andy et Karen, Lucas et Brooke. Tous les couples sauf celui Keith et Jules…

Jules est partie. Et il semble que d'autres aussi s'en vont : Brooke va en Californie, Félix à l'école militaire, Nathan va chercher Haley, Jake et Jenny pour échapper à Nikki, et Keith veut fuir Tree Hill.

Pendant son voyage, Nathan s'arrête pour passer la nuit avec Taylor. D'autres choisissent leur propre chemin : Jake se livre à la police, Anna révèle à ses parents qu'elle est homo et Lucas prépare un plan pour anéantir Dan.

Allumez les moteurs. Cooper, l'oncle de Nathan, emmène Nathan et Lucas pour leur donner quelques leçons de conduite professionnelle de voiture de course. Mais le divertissement tourne au drame quand Nathan a un accident… peut-être voulu.

Et si ? Dans le coma après son accident de voiture, Nathan rêve de ce qu'aurait pu être sa vie : il est le fils illégitime abandonné… et Lucas est la vedette choyée et arrogante du club de basket de Ravens.

Que de va-et-vient. De retour à Tree Hill, Nathan prend une grande décision à propos de son mariage avec Haley… et de sa relation avec ses parents. Lucas réunit les preuves à utiliser contre Dan.

C´est la fin de l'année scolaire… et aussi des relations d'amitié qui semblaient si belles. Lucas et Brooke se rendent à New York pour voir Haley. Nathan et Deb mettent au point un plan pour se débarrasser de Dan.

Karen s'est décidée à partir pour la Nouvelle-Zélande mais elle n'arrive pas à joindre Andy pour l'en avertir. Dan et Lucas ont une violente dispute. Brooke est partie pour l'été. Dan s'explique avec Lucas. Une personne vient se venger de Dan.