Dans le premier épisode de la Saison 3, l'agent Dwight Harris et son équipe élaborent un plan pour mettre la maison des Soprano sur écoute à présent que Pussy n'est plus là pour moucharder.

Après la mort de sa mère, Tony n'a plus à craindre qu'elle ne raconte tout aux agents du FBI Plus tard, Janice arrive pour organiser les funérailles, qui prennent une tournure bizarre.

Christopher constate qu’être mafioso n'est pas aussi cool qu'on le dit. Janice déménage chez sa mère et prend rapidement l’ascendant sur l'ancienne femme de ménage de Livia.

Le Dr Melfi tente d’orienter Tony vers une nouvelle thérapie, bien qu’elle traverse elle-même une crise personnelle.

Bobby Bacala Baccilieri Sr. sort de sa retraite pour s'occuper d'une jeune tête brûlée nommée Mustang Sally, au grand dam de son fils et de son oncle Junior.

La relation instable de Ralph avec une strip-teaseuse du Bada Bing prend une tournure violente qui conduit au pire.

Tony convainc l'oncle Junior de demander un deuxième avis pour son traitement contre le cancer.

Thanksgiving approche. La querelle de Tony avec Ralph s'intensifie, malgré l'intervention de J. Sack. Lors d'une soirée, Meadow et Jackie Jr. découvrent qu'ils ont beaucoup en commun.

Tony offre une bague à Carmela, Chris, un club à Adriana. Anthony Jr. vandalise la piscine et est arrêté. Tony séduit une vendeuse.

Quand ses rêveries sont dérangées par des fantômes du passé, Tony retourne sur le divan du Dr Melfi.

Paulie et Christopher se retrouvent dans un voyage cauchemardesque, alors qu'ils poursuivent un gangster russe dans les bois du sud du Jersey.

Inspiré par un conte de Ralph, Jackie Jr. décide de "tracer sa voie" dans le crime organisé.

Dans le dernier épisode de la Saison 3, Ralph s'occupe enfin de Jackie Jr., tandis que les problèmes d’A. J. Ne font qu’empirer.