Clayton Jarvis, secrétaire d'Etat à la Navy, a été tué, et Tom Morrow blessé dans l'explosion d'une bombe. Les agents découvrent que quelqu'un tente de les éliminer un par un. Gibbs se rend à Téhéran afin de rencontrer un informateur mais tombe dans un guet-apens. L'inspecteur Parsons vient en aide au NCIS...

Sous l'autorité de Sarah Porter, la nouvelle secrétaire d'Etat à la Navy, l'équipe de Gibbs poursuit son enquête sur la confrérie à l'origine des attentats et tentatives de meurtres sur les membres du NCIS. Tony s'envole pour Israël, sur les traces de Ziva, et collabore avec le Mossad pour la retrouver...

Les agents du NCIS se servent des réseaux sociaux pour enquêter sur la disparition d'un lieutenant de la Marine, dont l'appartement a été dévasté par une explosion criminelle qui a fait un mort. Dans le même temps, McGee égare son badge mais préfère taire l'information et ne pas prévenir Gibbs...

Le NCIS enquête sur le meurtre d'une femme qui utilisait l'identité d'une marine décédée deux ans plus tôt. Le visage et les doigts de la victime ayant été brûlés à l'acide, son indentification est difficile. Ducky parvient cependant à déterminer que la jeune femme a été victime d'un crime d'honneur...

Le NCIS enquête sur le meurtre d'un Marine, expert en cryptologie. DiNozzo, en proie à des problèmes d'insomnie depuis le départ de Ziva, croit reconnaître sur la scène de crime un homme qu'il a soupçonné quinze ans plus tôt dans une affaire de braquage, alors qu'il faisait partie de la police de Baltimore...

Une explosion suspecte à bord d'une plate-forme pétrolière cause la mort d'un homme, un marine. Au cours de cette enquête, le NCIS fait équipe avec Abby Borin, qui travaille au sein des gardes-côtes. Pendant ce temps, au sein du NCIS, un farceur joue des tours aux différents agents pour Halloween...

Le NCIS enquête sur la mort d'un marine, vraisemblablement victime collatérale d'un braquage qui a mal tourné. Appelé par un officier de police, qui lui annonce que son père a été arrêté à la suite d'un accident de voiture, Gibbs abandonne l'enquête à ses subordonnés pour l'aider à retrouver un ami...

Justin Dunne, suspect principal dans le meurtre d'un officier, s'empresse de demander à parler à son avocate, qui se trouve être Carrie Clark, une anciennne du FBI. Dunne la surprend en lui donnant son alibi : pendant le meurtre, il était lui-même en train d'assassiner quelqu'un à quelques kilomètres de là...

Un alarme retentit au cours d'une réunion confidentielle avec la secrétaire d'Etat à la Navy, signalant une transmission non autorisée. Le NCIS découvre que la secrétaire d'Etat était espionnée grâce à un stylo équipé d'un micro. Gibbs demande à une analyste de la NSA de participer à l'enquête...

Le caporal Ron Flegman s'est fait tirer dessus. Les inspecteurs remontent la piste jusqu'à Diane Sterling. L'ex-compagne de Gibbs leur confirme qu'elle a bien composé le numéro du téléphone retrouvé sur la victime, mais que celui-ci appartient en réalité à son petit ami actuel. La situation se complique...

Gibbs et son équipe enquêtent sur une mystérieuse maladie, qui frappe exclusivement les enfants de militaires. Pendant ce temps, Abby et Jimmy font équipe avec le Centre de recherche médicale de la Marine pour trouver la souche de l'épidémie, dans l'espoir de fournir un vaccin avant les fêtes...

Un officier de la Navy est abattu. Les premiers éléments de l'enquête révèlent que le tir provient d'une hauteur inhabituelle. Les inspecteurs comprennent qu'il s'agit d'une arme placée sur un drone qui est à l'origine de la blessure fatale. Ils découvrent qu'une attaque est prévue, mais ne savent pas où...

Un attentat a été perpétré au cours d'une soirée de gala à laquelle McGee accompagnait Delilah. Cette dernière est grièvement blessée. Bouleversé, McGee doit se soumettre à une évaluation psychologique pour savoir s'il peut reprendre le travail. Gibbs et l'équipe recherchent le terroriste Parsa...

Toujours à la recherche de Benham Parsa, le NCIS suit la piste d'un corps retrouvé dans un port. Ellie Bishop émet une théorie : le terroriste pourrait rentrer au Pakistan à l'occasion de l'anniversaire du décès de ses parents. Gibbs apprend alors que sa collègue piste Parsa depuis six ans pour la NSA...

Des gilets pare-balles défectueux ont été découverts dans un véhicule accidenté. Dans leur enquête pour identifier le responsable de ce commerce, les agents du NCIS découvrent que du matériel a été envoyé aux militaires à l'étranger, et que l'un d'entre eux est devenu paraplégique à cause d'un gilet défectueux...

Tony DiNozzo a rendez-vous devant un hôtel avec son père, venu lui faire part d'importantes nouvelles. En l'attendant, Tony est intrigué par le comportement d'un officier de la Navy, mais se voyant repéré, ce dernier pointe une arme sur lui. L'agent du NCIS riposte alors et tue son agresseur...

Pendant un concert de charité organisé par l'armée, une bombe explose. Les agents du NCIS cherchent à déterminer quelle était la cible des terroristes. S'agit-il de Mannheim Gold, un rockeur des années 80, ou l'attentat s'inscrit-il dans un plan plus vaste ? Jimmy s'interroge sur la paternité...

Le cadavre de Dan McLane, un membre du Congrès qui travaillait naguère au NCIS, a été retrouvé sur une plage de La Nouvelle-Orléans. Gibbs doit collaborer avec son ancien collègue, l'agent spécial Dwayne Cassius Pride. Deux pistes sont suivies : celle d'un crime politique et celle d'un tueur en série...

L'enquête sur le meurtre de Dan McLane, un membre du Congrès, se poursuit. Il s'agit de déterminer si cet assassinat est lié à la politique ou non. Gibbs et l'agent spécial Cassius Pride se rendent à La Nouvelle-Orléans. Ils sont à la recherche d'indices qui leur permettraient d'arrêter un tueur en série...

Delilah, la petite amie de McGee, tombe par hasard sur une information capitale à propos d'une affaire très controversée. Elle se tourne alors vers le NCIS pour que l'équipe lui vienne en aide. Dans le même temps, McGee demande des conseils à DiNozzo, au sujet de sa relation avec la jeune femme...

En enquêtant sur la mort d'un officier de la Navy, le NCIS découvre que la victime avait reçu des appels d'une cellule spécialisée dans la lutte contre le harcèlement et les violences sexuelles. L'homme avait en effet signalé le viol d'une femme officier amie. Mais celle-ci refuse de coopérer...

Quand un photographe de la Marine disparaît alors qu'il devait témoigner devant la cour martiale, l'équipe du NCIS enquête sur l'assassinat dont il a été témoin ainsi que son dernier reportage sur les anciens combattants sans-abri dans Washington. Abby tente d'aider une jeune SDF à renouer avec sa famille...

DiNozzo est envoyé à Marseille, officiellement pour participer à un séminaire sur la sécurité. En réalité, l'amiral Kendall lui demande de retrouver sa fille, une brillante étudiante qui s'intéresse désormais plus aux fêtes et aux substances illicites. Une fois sur place, il découvre cinq cadavres...

L'équipe mène l'enquête après qu'un navire de l'armée a pris feu. Le bateau servait de centre de détention secret pour des terroristes capturés et interrogés dans des circonstances spéciales. Ils doivent déterminer s'il s'agit d'un accident, ou d'un incendie volontaire pour créer une diversion...