Gibbs aide son ami Fornell à retrouver le trafiquant qui a fourni les opioïdes de contrebande à Emily. Ils trouvent l'adresse d'un local utilisé par les criminels. Par ailleurs, il rejoint son équipe en pleine enquête sur le meurtre d'un Marine dont le corps a disparu de la salle d'autopsie…

Le corps d'un homme se faisant passer pour un agent spécial est découvert dans le sous-sol du NCIS. Liée à une affaire non résolue 40 ans plus tôt, cette enquête replonge Gibbs dans ses débuts au NCIS et sa rencontre avec Ducky. Par ailleurs, McGee tient à célébrer le vingtième anniversaire de son entrée au NCIS.

La découverte de deux cadavres dans une forêt conduit l'équipe du NCIS dans le monde sans pitié de la chasse au trésor des temps modernes. Certains seraient prêts à tuer pour découvrir le coffre caché dix ans plus tôt par le riche Angus Demint. Pendant ce temps, Gibbs et Fornell continuent la traque du baron des opioïdes...

McGee et sa femme Delilah passent des vacances aux Bahamas. Mais leur séjour se transforme en mission de haut niveau quand une enquête du NCIS, sur la piste d'un directeur d'escape room retrouvé mort, est liée à l'île. De son côté, Gibbs craint le pire lorsque sa recherche de Fornell le mène à un cadavre...

Gibbs et Fornell, toujours à la recherche de la personne qui est à la tête du trafic de drogue responsable de l'overdose d'Emily, la fille de Fornell, semblent enfin sur la bonne piste. De leur côté, Gibbs et Vance informent l'ensemble de l'équipe au sujet d'une dangereuse affaire...

Après avoir eu des informations concernant un trafic d'armes, Bishop et Torres sont pris dans une fusillade qui s'est déclarée dans l'ancienne maison d'un shérif, devenue un site historique. Malgré leurs efforts pour s'échapper, ils se retrouvent enfermés dans des anciennes cellules abandonnées.

Le quartier-maître David Avila est retrouvé criblé de balles au volant de sa voiture alors qu'il reconduisait chez lui un ancien prisonnier récemment libéré. Pendant que le NCIS enquête sur le meurtre de cet officier, Gibbs tente d'aider le médecin légiste à surmonter la mort de sa femme Breena.

En Afghanistan, dans un bus abandonné, le nom de Sloane est découvert. Gibbs l'accompagne pour tenter de retrouver un groupe de jeunes filles qui ont été enlevées. Pendant ce temps, McGee, Bishop et Torres traquent un hacker qui transmet des informations compromettantes par e-mail à des talibans...

L'équipe est plongée dans le monde de la compétition mondiale du food-truck lorsqu'un homme est retrouvé mort dans l'un d'eux. Des traces de sang sont découvertes à l'intérieur. Pendant ce temps, Tobias Fornell est sur le point de partir s'installer au Costa Rica quand il reçoit une terrible nouvelle.

Dans la rue, Gibbs repère un chien blessé et décide de le suivre. L'animal a été blessé par balle. Le vétérinaire qui le prend en charge rapporte qu'il s'agit du troisième chien blessé de la journée. Le NCIS enquête et découvre un groupe secrèt organisant des combat de chiens, ce qui met Gibbs très en colère.

Pour les punir de ce qu'ils ont fait dans l'affaire contre Gibbs, Vance envoie McGee, Torres et Bishop à une conférence des affaires étrangères yéménites. Ils seront chargés de veiller à ce que les règles covid soient respectées . Sur place, ils découvrent un lien avec une affaire pour meurtre du NCIS...

Un sergent des Marines a été tué. Le père de Nick, qui a abandonné celui-ci lorsqu'il était enfant, fait figure de principal suspect. Gibbs, suspendu de l'agence, en profite pour s'occuper des tâches ménagères. Il reçoit la visite de Marcie Warren, qui lui demande de revoir une partie de son travail.

Un cycliste a perdu la vie dans un accident de la route, et le chauffard responsable du drame a pris la fuite. Pendant ce temps, Gibbs se prépare à témoigner lors du procès d'un conseiller financier, mais le procureur hésite à l'appeler à la barre, craignant que sa suspension du NCIS le décrédibilise

Le NCIS enquête sur le meurtre d'un capitaine qui a eu lieu au centre de commandement militaire national. Les investigations les mènent à Hassan Sayegh, l'oncle libyen de Phineas, l'ancien voisin de Gibbs, confié à une famille adoptive. Hassan avait tenté de pirater le système informatique du NCIS....

Des membres du REACT, l'équipe d'entraînement des forces spéciales, décèdent dans une explosion. Jessica Knight, l'agent spécial du NCIS, est la seule survivante. Elle met tout en oeuvre pour aider les enquêteurs à élucider cette affaire. Marcie Warren sollicite Gibbs pour découvrir qui a tué son amie d'enfance...

Lancée à la recherche d'un trafiquant d'armes qui a dérobé des secrets militaires de la NSA, l'équipe apprend avec stupeur qu'Ellie Bishop pourrait être impliquée dans une ancienne fuite d'informations. Gibbs et Marcie réalisent alors que le tueur en série pourrait bien s'en prendre à eux...