"Deux mois après que Gibbs et McGee ont été vus pour la dernière fois combattant un groupe de rebelles dans la jungle du Paraguay, le NCIS recherche inlassablement ses collègues disparus."

Le NCIS enquête sur le corps d'un lieutenant de la marine assassiné, disparu il y a plus d'un an ; Gibbs et McGee doivent passer une évaluation psychologique pour reprendre officiellement leur travail.

Alors qu'il est en planque avec la police métropolitaine, le partenaire de Torres disparaît. L'enquête qui suit conduit le NCIS à découvrir de nouvelles preuves d'un meurtre vieux de 10 ans.

Le directeur Vance accueille au siège l'agent spécial du NCIS Jacqueline "Jack" Sloane, une psychologue médicolégale qu'il a fait transférer de Californie.

Après que Reeves a vu son ami se faire kidnapper, le NCIS découvre que le principal suspect a disparu il y a deux jours avec des informations militaires confidentielles. Une photo embarrassante de l'adolescence de McGee devient un mème populaire.

Après l'assassinat d'un quartier-maître sur un terrain de golf, McGee passe des heures sur la radio amateur de la victime pour essayer de localiser un témoin clé.

Après qu'un criminel condamné a juré que l'agence du NCIS l'avait piégé pour meurtre il y a dix ans, Gibbs commence sa propre enquête par une autopsie réalisée par Ducky.

Une personne recherchée par le NCIS dans une affaire de corruption et de fraude est retrouvée morte après qu'une voix conduit un coursier vers son corps. McGee et Delilah ne sont pas d'accords quant à connaître le sexe du bébé ou garder la surprise

Les projets de l'équipe pour Thanksgiving sont mis en suspens alors qu'ils traquent un trafiquant d'armes à Washington, qui a assassiné un officier du MI6, un ami proche de Sloane.

Alors que Torres et Sloane assurent la protection du sénateur américain John Phillips en Afghanistan pour les vacances, ils doivent rentrer d'urgence aux États-Unis après avoir appris que le fils du sénateur est en soins intensifs.

Torres et Bishop se font passer pour un couple de criminels prêts à être recrutés, lors d'une infiltration du NCIS qui traque le trafic de drogue dans la marina civile de Norfolk.

Après qu'un lieutenant de la marine apparemment heureux et performant semble avoir mis fin à ses jours, Gibbs et l'équipe mènent une enquête approfondie, interrogeant sa famille et ses amis du passé et du présent.

Après que McGee et Torres se sont rendus chez une lycéenne, témoin d'un délit de fuite, ses parents, Christopher et Julie Bell, s'enfuient avec leur fille, laissant le NCIS dans l'embarras.

Après la découverte du corps d'un commandant de la Marine disparu, Vance ordonne à Gibbs et à l'équipe de travailler avec l'ancien agent du FBI Tobias "T.C.". Fornell, le détective privé qui a été engagé pour le retrouver.

Le NCIS conclut un accord avec le meurtrier Paul Triff, lui accordant une permission de 48 heures dans son ancienne résidence, devenue la maison de McGee, en échange d'informations pour faire condamner son ancien compagnon de cellule, Gabriel Hicks.

Gibbs et l'équipe s'efforcent de blanchir le nom du sergent John Ross, retraité des Marines, lorsque du cyanure est trouvé dans l'un des colis qu'il envoie aux Marines en service.

Gibbs et Ducky voient à la télévision un bâton de guerre antique qui pourrait être l'arme manquante d'une affaire classée depuis 16 ans.

Le quartier général du NCIS est évacué après la découverte d'un corps et de matériaux pour une bombe sur le toit de la salle de réunion. L'équipe lit la première version du livre de Ducky.

Gibbs obtient la garde préventive d'une réfugiée orpheline de 10 ans, Elena, lorsqu'une affaire du NCIS révèle qu'elle est la cible d'un gang violent.

Le NCIS recherche un quartier-maître suspecté d'agression qui s'échappe lorsque le shérif qui le conduit s'écrase dans un lac.

Sara Carter supplie Gibbs d'enquêter sur le meurtre de sa mère, car elle pense que les autorités locales ont condamné la mauvaise personne.

Lorsque des preuves révèlent qu'un membre de l'équipe du NCIS est la cible d'un tueur à gages, l'équipe doit fouiller dans les anciens dossiers pour savoir qui cherche à se venger.

Alors que Gibbs assiste au service commémoratif d'un ami disparu en mer, il découvre que le défunt, le capitaine de marine Phillip Brooks, après avoir nagé jusqu'au rivage, s'est caché dans un abri antinucléaire suite à l'attaque de son bateau.

Sloane est persuadée que l'homme qui l'a prise en otage et torturée il y a des années en Afghanistan, et que l'on croyait avoir été tué après son sauvetage, est vivant et se trouve à Washington.