Une force maléfique qui avait été emprisonnée par le père de Samurai Jack vient d'être libérée. Elle s'empare du père du petit Jack.

Samurai Jack a été envoyé dans le futur par Aku la force maléfique.

Aku envoie une armée de scarabés-droïdes à l'attaque. Samouraï Jack doit les combattre à lui seul.

Jack avance prudemment dans un labyrinthe à la recherche d'un mystérieux coffre. Le problème est qu'il n'est pas le seul: deux voleurs sont sur ses talons.

Quand Jack fait échouer le projet d'un groupe de scientifiques d'échapper à Aku il se joint à eux pour résoudre le problème.

Aku se transforme en femme afin d'empêcher Jack de retourner dans le passé et le détruire...

Jack doit atteindre un puits se trouvant en haut d'une tour qui lui accordera un vœu pour ce faire il doit affronter trois archers aveugles...

Jack rencontre son double maléfique et se voit contraint à combattre son côté sombre…

Jack part aux fonds des mers à la recherche d'une machine à remonter le temps. Lors de sa quête; il rencontre des êtres dont la cité a été submergée. Ils lui proposent de l'aider… Mais Aku les avaient acheté….

Jack doit combattre un monstre de pierre qui en réalité est un grand guerrier auquel Aku avait jeté un sort il y a très longtemps. La seule façon de libérer le guerrier est de le vaincre au combat...

Jack croise un écossais sur un pont sans fin ils vont dans des directions opposées et ni l'un ni l'autre ne veulent céder le passage. Le problème se règle de lui-même quand ils se font pourchasser par des chasseurs de prime...

Jack devient ami avec des gangsters de Chicago pour se rapprocher d'Aku.

Aku raconte des contes de fée aux enfants pour qu'ils se rallient à lui plutôt qu'à Jack.