Vingt ans après une épidémie fongique dévastatrice, Joel et Tess ont pour mission de changer le cours des choses.

En 2003, un scientifique indonésien fait une terrible découverte. En 2023, Joel et Tess s'échappent de la zone de quarantaine tandis qu'ils se frayent un chemin, infectés, dans les ruines de Boston, depuis longtemps abandonnée.

Bill se prépare à affronter la fin du monde seul... jusqu'à ce qu'un mystérieux inconnu bouleverse ses plans. Des années plus tard, Joel et Ellie demandent conseil à Bill et se retrouvent à la croisée des chemins.

Joel et Ellie abandonnent leur camion à Kansas City et tentent de s'échapper en évitant de se faire repérer par une cheffe rebelle revancharde.

Joel et Ellie croisent l'homme le plus recherché de Kansas City tandis qu'ils essayent d'échapper aux rebelles. Pendant ce temps, Kathleen continue sa chasse.

Joel et Ellie décident de ne pas écouter les habitants en partant à la recherche des lucioles et de Tommy dans des profondeurs de plus en plus dangereuses.

Joel lutte pour survivre tandis qu'Ellie se remémore la nuit qui a tout changé.

Après avoir croisé la route d'un groupe de survivants en quête de vengeance, Ellie et sa combativité attirent l'attention de leur chef. Joel, affaibli et toujours en train de lutter pour survivre, doit affronter un groupe de chasseurs assoiffés de sang.

Anna, enceinte, décide de faire confiance à un ami de longue date. Plus tard, Joel et Ellie approchent de la fin de leur voyage.