Gravement blessés et incapables de communiquer avec l'équipe aux États-Unis, Callen, Sam et Kensi, avec un Deeks inconscient, cherchent un moyen sûr de rentrer chez eux alors qu'un chef de cartel place une prime "mort ou vif" sur leurs têtes.

Le prototype d'une combinaison d'assaut tactique est volé dans une base de la marine et utilisé dans un vol de bijoux à Beverly Hills. L'équipe doit déterminer qui a volé la combinaison et quelle est leur prochaine cible.

Callen et Sam sont chargés de la protection du vice-prince héritier Kamal après qu'un assassin inconnu a pris pour cible son leurre à son arrivée à Los Angeles.

L'équipe du NCIS est en danger après que leurs photos, ainsi que les noms de Mosley et de son fils, figurent sur une liste de cibles du cartel.

Alors qu'elle assiste le NCIS dans une opération d'infiltration, l'informatrice Elizabeth Williams est arrêtée, et l'équipe ne parvient pas à lui fournir un alibi.

L'équipe du NCIS tente de localiser Mosley, disparue après avoir assassiné un membre de cartel.

L'équipe du NCIS s'associe au Département d'État après avoir lié le meurtre d'un trafiquant d'armes à une série de crimes commis à la manière des forces spéciales.

Le directeur adjoint Ochoa propose à l'équipe du NCIS de participer à une opération secrète liée à un groupe terroriste prônant une force militaire extrême.

L'équipe du NCIS enquête sur l'intrusion au domicile du capitaine de la marine Dean Hadlow, qui recevait son ami, le général pakistanais Omer Abidi. Les voleurs ont dérobé de l'argent, des bijoux et des informations hautement confidentielles.

Un cambriolage astucieux visant à dérober un coffre-fort détenu par Veronica Stephens, une contractante de la marine, conduit le NCIS à enquêter sur son cabinet de conseil corrompu.

L'équipe du NCIS est épaulée par l'agent spécial Nicole DeChamps après la disparition d'un réserviste des Marines aux antécédents de PTSD suite à une altercation en état d'ivresse.

Le chef de la logistique d'une station d'armement navale s'effondre au travail, l'équipe du NCIS doit déterminer s'il s'agit d'une menace terroriste ou d'une dépression due au stress. Kensi et Deeks recherchent différents lieux de lune de miel.

L'équipe du NCIS travaille avec le Tribunal pénal mondial lorsqu'un Syrien en quête de justice, David Sarraf, est brutalement attaqué alors qu'il livrait des preuves de l'utilisation d'armes chimiques sur des civils.

L'équipe du NCIS s'associe au FBI pour localiser une cellule terroriste à Los Angeles qui préparerait une attaque imminente.

Alors que l'équipe continue de rechercher une cellule terroriste à Los Angeles, Callen et Sam se retrouvent coincés dans un cinéma suite à des explosions et la présence d'explosifs sur toutes les sorties restantes.

Le NCIS enquête sur le meurtre d'un journaliste qui écrivait un article sur une opération militaire secrète mal gérée. Alors que le jour de leur mariage approche à grands pas, Kensi et Deeks travaillent sur les derniers points de leur to-do list.

Après des mois de préparation, la famille du NCIS célèbre le mariage de Kensi et Deeks. Une vieille connaissance, Anatoli Kirkin, rend une visite surprise à Deeks le jour de son mariage et il n'est pas seul.

Sydney demande de l'aide à sa sœur Nell suite à l'implication de son amour de lycée, Andre Martinez, dans un complot russe visant à voler des informations au ministère de la Défense.

L'agent Lance Hamilton du département de la Justice demande à Sam de l'aider à localiser un ancien officier de la patrouille frontalière américaine disparu suite à une menace du cartel.

Un Navy SEAL est attaqué alors qu'il travaille au noir à la sécurité d'un dispensaire de marijuana prospère. Sam s'engage personnellement à appréhender le suspect par respect pour la confrérie des Navy SEALS.

Anna Kolcheck (Bar Paly) s'échappe de prison avec sa codétenue, Callen et l'équipe du NCIS participent à l'enquête et cherchent à la retrouver.

L'équipe du NCIS se rend à Cuba pour une mission non officielle suite à la découverte par Callen d'une piste sur la localisation d'Anna Kolcheck.

Callen et Sam se rendent sur l'USS Allegiance dans le golfe Persique pour travailler avec le capitaine de la marine Harmon "Harm" Rabb, Jr. lorsque l'équipe du NCIS découvre des sympathisants d'ISIS qui ciblent des sites militaires.

Callen et Sam travaillent avec le capitaine de marine Harmon "Harm" Rabb, Jr pour localiser un groupe de sympathisants ISIS à bord de l'USS Allegiance.