Alors qu'il patrouille dans l'espace de la Fédération, l'USS Shenzhou rencontre un objet d'origine inconnue, mettant le premier officier Michael Burnham à rude épreuve.

Face aux vaisseaux klingons, l'USS Shenzhou se prépare à l'éventualité d'une guerre si les négociations échouent. Burnham se tourne vers son éducation vulcaine pour trouver des conseils.

Burnham se retrouve à bord de l'USS Discovery où elle se rend rapidement compte que les choses ne sont pas ce qu'elles semblent être, notamment le mystérieux capitaine Gabriel Lorca.

Avec des tensions et des enjeux élevés alors que Starfleet poursuit ses efforts pour mettre fin à la guerre avec les Klingons, Burnham trouve ses marques à bord de l'USS Discovery.

Lors d'une mission, Lorca se retrouve inopinément en compagnie d'un prisonnier de guerre, le lieutenant Ash Tyler de Starfleet, et d'un criminel intergalactique notoire, Harry Mudd.

L'équipage de l'USS Discovery est intrigué par le nouveau venu, le lieutenant Ash Tyler. Sarek demande l'aide de Burnham, ravivant des souvenirs de son passé.

Alors que l'équipage de l'USS Discovery tente de se défouler lors d'une fête, un visiteur indésirable monte à bord, entraînant une suite d'événements problématiques et tordus.

L'USS Discovery est chargé d'une mission de haute importance sur la planète Pahvo afin d'apprendre la science derrière la technologie d'occultation des Klingons.

Contournant les ordres de Starfleet, Lorca utilise l'atout ultime de l'équipage de l'USS Discovery, le vaisseau lui-même, dans le but de mettre fin à la guerre avec les Klingons.

En territoire inconnu, l'équipage de l'USS Discovery est obligé de faire preuve de créativité dans ses efforts pour survivre à des forces opposées et sans précédent et rentrer chez lui.

Alors que l'équipage continue sa mascarade, Burnham effectue une mission impitoyable dans l'espoir d'aider l'USS Discovery à rentrer chez lui.

Burnham se rend sur l'ISS Charon avec un "cadeau" spécial pour l'Empereur. Avec l'aide d'une source inattendue, Stamets gagne en clarté alors qu'il est piégé dans le réseau mycélien. Saru demande l'aide de L'Rell.

Lorca prévoit de faire un coup d'état contre l'Empereur, ce qui pousse Burnham à prendre une décision rapide pour se sauver, mais aussi pour sauver l'USS Discovery.

De retour sur l'USS Discovery, Burnham et l'équipage sont confrontés à la réalité de la guerre pendant leur absence. Pour avancer, Starfleet doit utiliser des tactiques et sources non conventionnelles pour sa prochaine action contre les Klingons.

Avec Georgiou à la tête du plan visant à mettre fin à la guerre contre les Klingons une fois pour toutes, l'équipage de l'USS Discovery a du mal à tolérer ses tactiques hostiles. Les souvenirs d'épreuves passées sont ravivés chez Burnham.