Accompagnés par ses meilleurs amis Tom et Kyra, Alex se rend à Malte où il espère dénicher des éléments éclairant le passé de son père. Sur place, ils mettent au jour les prémices d'un complot fomenté par l'organisation criminelle Scorpia, qui a désormais à sa tête un nouveau leader très charismatique...

Le gouvernement britannique ayant eu vent d'une menace qui marque le retour de Scorpia, Blunt et le Département se lancent à la poursuite de l'organisation secrète. A Malte, Alex accepte de suivre un scientifique qui travaille pour Scorpia dans un laboratoire secret à bord d'un navire mis hors service.

Alex a été capturé, et Tom, Kyra et Jack se précipitent pour le retrouver. Tandis que Scorpia fait étalage de la puissance de la nouvelle arme dont l'organisation dispose, Julia Rothman expose à Alex des vérités dérangeantes à propos de son père.

Isolé de ses amis et obligé de collaborer avec un adversaire redoutable, Alex subit une intégration éprouvante dans les rangs de Scorpia et se retrouve confronté à un gang d'apprentis assassins impitoyables.

Afin de prouver sa loyauté à Scorpia, Alex est envoyé en mission. Tom et Kyra le suivent de près dans l'espoir de venir à sa rescousse. Pendant ce temps, le Département tente de découvrir le secret de l'arme ultrapuissante que détient l'organisation secrète.

Alex rentre chez lui où il compte mener à bien une mission en guise de vengeance. Pour éviter que le destin de leur ami ne soit à jamais lié à celui de Scorpia, Jack, Tom et Kyra n'hésitent pas à faire appel à un allié improbable.

Capturé par le Département, qui l'interroge sans relâche, Alex peut compter sur ses amis pour lui rappeler qui il est vraiment. Des vérités pourraient bien encore être révélées.

Scorpia déploie les dernières mesures d'une action à grande échelle qui pourrait menacer tous les habitants d'une ville. Pour arrêter Julia Rothman avant qu'il ne soit trop tard, Alex n'a pas d'autre choix que d'infiltrer à nouveau l'organisation.