Le Dédale remporte tant bien que mal la bataille contre les vaisseaux ruches et Sheppard échappe de justesse à la mort. Il décide de partir libérer McKay et Ronon, qui sont emprisonnés par les Wraith. De son côté, Weir met en place un plan d'attaque pour empêcher les vaisseaux ruches d'arriver sur Terre...

Après s'être emparés du vaisseau ruche Wraith, Sheppard et son équipe se sont échappés et ont regagné Atlantis. Alors que Weir présente au groupe l'homme qui l'accompagne pour évaluer son travail à la tête de l'expédition, les membres d'Atlantis doivent déterminer le sort des Wraith que Beckett a humanisés...

L'équipe du colonel Sheppard explore un village, dont les habitants semblent mener une vie tranquille et insouciante. Leur chef, Lucius, un homme charismatique et respecté par sa congrégation, propose de créer une alliance avec Atlantis afin d'échanger les précieux remèdes médicinaux qu'il a conçus contre certaines technologies d'Atlantis...

En explorant une planète inconnue, Ronon a un mauvais pressentiment. L'équipage ne tarde pas à découvrir un petit village dont les habitants, terrorisés par ces nouveaux arrivants, ouvrent le feu, blessant McKay. Les membres de l'expédition retournent alors à la Porte des étoiles, mais seul Ronon arrive à passer de l'autre côté, abandonnant ses coéquipiers sur la planète...

Le docteur Weir accompagne Sheppard et son équipe en mission sur une planète dont la civilisation ressemble à s'y méprendre à celle des Anciens. Enthousiasmés par cette découverte, ils tentent de former une alliance avec ce nouveau peuple : les Asurans...

Le docteur Weir se réveille sur Terre, dans un institut psychiatrique. Les médecins lui expliquent que tout ce qu'elle sait de la Porte des étoiles et d'Atlantis n'est autre que le fruit de son imagination. Elle demande alors à voir Jack O'Neill, qui lui confirme que ni l'une ni l'autre n'existent...

Kolya, un ancien ennemi Genii d'Atlantis, capture Sheppard. Il souhaite s'en servir comme monnaie d'échange pour traiter avec Atlantis et récupérer les technologies qui l'intéressent. Pour cela, il choisit d'envoyer une vidéo à Weir où l'on voit Sheppard torturé par un Wraith...

Rodney est de retour sur Terre pour demander à sa soeur Jeanie, une brillante scientifique qui a abandonné sa carrière pour une vie de famille paisible, de joindre le SGC et l'aider à résoudre un problème délicat...

Sheppard informe la base que l'équipe du major Leonard n'a pas fait son rapport comme il était convenu. En se rendant sur la planète où l'équipe a disparu, Sheppard découvre qu'ils ont dû faire face à des Genii. Si l'équipe du major est retrouvée sans vie, son responsable manque à l'appel...

Rodney embarque à bord du Dédale pour présenter son projet de pont intergalactique reliant la Porte des étoiles d'Atlantis à celle de la Terre. Sur le chemin, ils découvrent un vaisseau Ancien à la dérive navigant à la vitesse de la lumière, avec un équipage encore en vie. Le docteur Weir est surprise par les dires des voyageurs, qui les enjoignent à quitter Atlantis le plus rapidement possible...

La mission de Jack O'Neill pour défendre Atlantis échoue lorsqu'il est fait prisonnier, avec Richard Woolsey, pendant un assaut des Réplicateurs. L'équipe de Sheppard, le docteur Weir et le docteur Carson volent un jumper et partent pour la galaxie Pégase dans l'espoir de les sauver. Mais parviendront-ils à reprendre Atlantis ?...

Les baleines qui peuplent la mer autour d'Atlantis se regroupent près de la cité, provoquant, par leur chant, d'étranges symptômes chez les humains.

L'équipe retrouve Lucius Lavin en train d'utiliser un ancien bouclier qui le rend invincible. Il profite de cette technologie pour donner l'illusion d'être un individu courageux et se faire ovationner par les autochtones...

Alors qu'il coupe l'énergie de certains systèmes d'Atlantis, McKay est frappé par un rayon émis par un mystérieux appareil. Il s'aperçoit alors qu'il détient des super pouvoirs. Mais sa joie est de courte durée : les effets de sa mutation pourraient être mortels. L'équipe doit trouver un moyen pour sauver McKay avant qu'il ne soit trop tard...

Pour passer le temps, Sheppard et McKay s'affrontent au cours d'une partie d'un jeu de stratégie qu'ils ont découvert sur Atlantis. A leur grande surprise, ils s'aperçoivent que ce jeu a une véritable influence sur les habitants de deux villes d'une autre planète. Ils doivent mettre fin à la guerre qu'ils viennent de provoquer. Cette mission diplomatique s'avère plus délicate qu'il n'y paraît...

L'équipe Atlantis découvre les derniers survivants d'une civilisation placés en état de stase dans une station spatiale. Mais lorsque l'un des scientifiques est réveillé par l'équipe Atlantis, les problèmes du passé ressurgissent et risquent de mettre en danger la vie de tous ceux qui se trouvent à bord de la station...

Lorsque l'ensemble de la ville reçoit l'ordre de prendre un jour de congé, les membres de l'équipe Atlantis font de leur mieux pour se détendre. Mais une mystérieuse explosion en pleine ville tue des passants et interrompt leur repos...

L'équipe d'Atlantis part à la recherche d'une source d'énergie dans l'océan de Lantea. Tandis que l'exploration de la station géothermale commence, Teyla détecte la présence d'un Wraith. De son côté, Weir suggère à McKay de chercher à comprendre pourquoi les Anciens ont abandonné la station...

L'équipe Atlantis constate qu'elle n'a pas eu de nouvelles des Taraniens depuis très longtemps et décide d'enquêter. Mais les Taraniens ont disparu de leur village. Servant de cobayes pour d'étranges expériences, certains semblent avoir été victimes de l'insecte Iratus...

Investi d'une nouvelle mission, le colonel Abe Ellis arrive à Atlantis dans un nouveau vaisseau, l'Apollo. Le docteur Weir redoute cette opération, qui risquerait de déclencher une guerre contre un ennemi très puissant. Bientôt, Weir est le seul capable de sauver Atlantis...