Les Tortues Ninja sont en fuite et... en solo. Leonardo est le leader, mais il est perdu sans personne à diriger ! À présent, Leo doit arrêter Bishop et ses Méchazoïdes tout en sauvant ses frères.

Pour sauver ses frères, Mikey a besoin de l'aide de Rod, le stagiaire de Bishop. Mais Rod veut quelque chose en échange... être transformé en mutant ! Pour réussir, Mikey doit devenir... responsable.

Pris entre les Méchazoïdes et le célèbre gang des Dragons Pourpres, la force de Raphaël ne lui servira à rien. Il va devoir se servir de son ingéniosité pour se sortir de ce mauvais pas.

Donnie rivalise d'ingéniosité dans le métro de New York pour tenter d'échapper aux Méchazoïdes de Bishop. Mais comment contrer une IA qui anticipe tous vos mouvements ?

L'histoire de la femme appelée Bishop ! Pourquoi déteste-t-elle les mutants ? Quel est le secret des Méchazoïdes ? Et que s'est-il passé la nuit où les Tortues sont tombées dans le piège de Bishop ?

Les tortues vont affronter Bishop qui les attend de pied ferme... en devenant Mécha-Bishop ! Mais face à la révolte des Méchazoïdes, arriveront-elles à sauver l'humanité ?