Alors que Pie XIII est dans le coma après une attaque durant son discours place Saint-Marc, à Venise, François II, son remplaçant, meurt de façon mystérieuse. Le secrétaire d'Etat Voiello, décide de se présenter aux élections avant de soutenir Tommaso Viglietti qu'il pense facile à manipuler...

Après Viglietti, le secrétaire d'Etat Voiello porte son choix sur Sir John Brannox, réputé modéré. Avec une petite délégation, Voiello se rend en Angleterre pour s'assurer que Brannox acceptera la charge pontificale avant le conclave. Aristocrate charismatique et excentrique, celui-ci est aussi pétri de doutes et réticent à se laisser convaincre...

Fin stratège, Voiello use de son art de la persuasion pour convaincre sir John Brannox de devenir son pape idéal. Après moult hésitations, Sir John accepte de se mettre au service de l'Église. Habemus Papam ! Au Vatican, il prend le nom de Jean-Paul III. Tout se passe comme prévu pour Voiello qui n'avait pourtant pas prévu quelques remous...

Les religieuses du Vatican se mettent en grève se sentant totalement déconsidérées et décident d'occuper la chapelle Sixtine. Jean-Paul III, de son côté, se rend à Venise au chevet de Pie XIII tandis que les idolâtres sont de plus en plus nombreux autour de Belardo. Spalletta, pendant ce temps, complote et cherche à se rapprocher du nouveau pape...

Fasciné par le star système, Jean-Paul III, après avoir rencontré Marilyn Manson, organise une entrevue avec l'actrice Sharon Stone. L'entretien donne au pontife de nouvelles idées. Le pape fait ensuite un discours retentissant à Lourdes, après les tragiques événements qui ont secoué la ville et les fidèles. Pendant ce temps, le cardinal Voeillo surveille de près les religieuses du Vatican...

Alors que la santé de Pie XIII change de manière surprenante, Sofia reçoit les confessions d'un prêtre étrange. Après cet entretien, la directrice de la communication du Vatican fait des découvertes pour le moins embarassantes. Jean-Paul III, de son côté, s'apprête à donner une interview télévisée au cours de laquelle il se prépare à faire des déclarations fracassantes...

Alors que Voiello quitte ses fonctions et tire sa révérence, le cardinal Assente lui succède, mais sa politique n'est pas du goût de tous les cardinaux. Le Vatican décide de mettre un terme aux émissions de radio transmettant la respiration de Pie XIII. Cette décision enflamme les idôlatres. Pendant ce temps, la menace terroriste se fait de plus en plus pressante contre l'Église...

Le cardinal Voiello fait de nouvelles découvertes concernant Jean-Paul III, après avoir été mis dans la confidence par le mystérieux Bauer. Il obtient également des informations au sujet du destin de Pie XIII, qui s'apprête enfin à faire son grand retour à Rome. Au même moment, Jean-Paul III choisit de se retirer dans l'une des propriétés de l'Église dans les Dolomites...

Un groupe terroriste retient en otage un prêtre et six étudiants à Ventotene, une petite île de la mer Tyrrhénienne. Le Vatican mène des investigations pour savoir s'il s'agit d'islamistes ou de fondamentalistes religieux qui voudraient s'en prendre à l'Église. Pendant ce temps, Lenny Belardo se révèle aux cardinaux...