Dans la ville abandonnée de Cittàgazze, Lyra fait la connaissance de Will, qui vient d'un autre univers. Pour les deux enfants en fuite, la méfiance cède bien vite le pas au soutien et à l'entraide. L'ouverture d'un passage par Asriel met à mal les certitudes du Magisterium, qui décide de frapper fort pour réprimer des opinions dissidentes. Marisa Coulter se lance à la recherche de sa fille Lyra, au coeur d'une prophétie capitale, prête à la ramener par tous les moyens nécessaires. Pour cette deuxième saison, le récit, toujours aussi épique, introduit de nouveaux personnages et de multiples rebondissements.