La grande forêt équatoriale africaine constitue la deuxième plus vaste réserve de biodiversité de la planète. Avec des scientifiques, Nicolas Hulot la traverse du Gabon au Nord-Congo. Après avoir survolé l'Ogooué, un vaste fleuve, l'équipe se pose près d'une mission scientifique. Pendant que certains, en laboratoire, cherchent à isoler les virus inconnus tapis dans la jungle africaine, d'autres étudient le comportement d'insectes dangereux.
L'Ouganda est le territoire des sources du Nil. Les explorateurs rencontrent des peuples pygmées avant d'atteindre le Margherita Peak, grand glacier d'Afrique.
Sur la côte Est de l'Afrique, Nicolas Hulot fait étape à Zanzibar. Ce port, où de nombreux peuples cohabitent, ouvre les portes du continent vers le lac Tanganyika et les monts du Kilimandjaro. Faune et flore révèlent leur magie. C'est par une rencontre avec le peuple massaï que le périple s'achève.
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