Fûko Izumo, une jeune fille dotée de la capacité « Unluck », apporte le malheur à quiconque la touche. Un immortel à la capacité « Undead » empêche Fûko de se suicider, convaincu d'avoir enfin trouvé la personne pouvant lui offrir une « vraie mort ». Il enlève Fûko et commence à s'interroger sur les conditions qui déclenchent la malchance, mais des agents de l'Union, l'organisation qui contrôle les phénomènes inexpliqués, se lancent à leur poursuite !

Un coup de malchance frappe Andy le « Undead » lorsque Fûko l'embrasse. Andy tente d'avoir une relation plus intime avec elle, pensant que le malheur sera d'autant plus grand. Mais repoussant ses avances, Fûko lui explique que c'est la sympathie qu'elle a pour lui qui aggravera les choses. Andy déclare alors qu'il fera tout pour qu'elle tombe amoureuse de lui et que, d'ici là, il s'efforcera de la garder en vie. Pendant ce temps, les agents de l'Union se rapprochent…

Dans trois jours, un agent de l'Union se trouvera en Russie pour enquêter. Andy et Fûko se rendent au lac Baïkal après avoir appris qu'ils pourront intégrer l'Union s'ils tuent un membre de l'organisation. Arrivés sains et saufs sur place, ils se séparent quand Andy part faire des courses. Fûko rencontre une jeune fille en uniforme d'écolière qui la convainc de peindre avec elle…

La jeune fille peignant au lac Baïkal avec Fûko n'est autre que Gena, l'Annulatrice qui a capturé Andy par le passé ! Andy cherche à comprendre la source de sa capacité. Il découvre que Gena est « Unchange » et qu'elle empêche les objets de changer de forme. Alors que Gena, encore amoureuse d'Andy, les attaque, Fûko entraperçoit l'espoir de la vaincre.

Andy et Fûko sont amenés à la table ronde de l'Union où les autres membres les attendent. Apocalypse, le premier « Artefact » trouvé, leur soumet une nouvelle liste de quêtes qui se révèlent insensées. Fûko suggère aux membres de ne plus obéir aveuglément aux ordres, mais Juiz voit les choses autrement.

Andy, Fûko et Shen débarquent aux États-Unis pour capturer l'UMA Spoil. En vérifiant les antécédents d'un cadavre en décomposition lié à Spoil, ils découvrent qu'il venait de Longing. Des agents sur place confirment que Spoil et ses zombies sont dans la ville. Assommant zombie après zombie, Andy finit par en trouver un qui n'est pas complètement décomposé, qu'il interroge sur Spoil.

Les habitants de la ville de Longing se sont tous transformés en zombies à cause de Spoil. Des enfants cachés dans un abri souterrain racontent ce qui s'est passé à Fûko et comment ils ont évité la contamination. Pendant ce temps, Andy se bat à la surface avec d'autres zombies contre Spoil. Lorsqu'un zombie touche accidentellement Fûko, il déclenche un coup de malchance. Andy comprend que les pouvoirs de Fûko fonctionnent aussi sur les zombies…

Spoil passe à la phase deux en décomposant tout ce qui s'approche et en tirant avec un laser pourrissant sur tous ceux qui lui échappent. Shen lance une contre-attaque en utilisant son artefact et sa capacité d'Annulateur. Spoil ne peut plus riposter, mais le combat mène tout de même à une impasse, puisque Spoil ne peut pas être touché. Or, la capture de ce genre de UMA ne peut être complète que lorsque son âme est extraite de son corps. Comment supprimer la capacité de Spoil ?

Victor, l'homme qui a remporté la victoire sur de nombreux champs de bataille, n'est autre que la face cachée d'Andy qui apparaît lorsque la carte sur son front est retirée. Bien que Spoil ait été capturé, Andy reste Victor. Les membres de l'Union lui ordonnent de redevenir lui-même. Mais Victor, qui possède des pouvoirs supérieurs à ceux d'Andy et une personnalité plus agressive, est un adversaire difficile à abattre. Fûko doit passer à l'action pour ramener Andy !

Apocalypse fait le bilan des quêtes, entouré par les membres de l'Union. Pour sanctionner l'échec de la sixième quête, Apocalypse ajoute l'UMA Galaxy comme punition. Les membres de l'Union se précipitent à la surface pour voir le monde s'altérer sous leurs yeux. Cette fois, les règles créent des extraterrestres venus d'autres galaxies pour envahir la Terre.

Rip, l'Annulateur au pouvoir « Unrepair », ayant été repéré sur les lieux d'une vente aux enchères clandestine, Andy et Fûko s'y rendent. Les Annulateurs, UMA et artefacts que l'Union n'est pas capable de contrôler alimentent un marché noir. Andy et Fûko s'invitent aux enchères en se faisant passer pour un couple marié. À force d'entendre parler d'Annulateurs et d'UMA comme de marchandises, Fûko demande à Andy s'il est préférable pour un Annulateur de rejoindre l'Union ou d'être vendu.

L'Union et les Chasseurs d'Annulateurs ont infiltré la vente aux enchères à la recherche d'un nouvel Annulateur. Les Chasseurs sont un groupe d'Annulateurs qui se sont unis pour se venger du monde entier. Ne voulant pas leur remettre l'Annulateur, Andy et Fûko foncent à l'entrepôt où sont gardés les objets mis aux enchères. Les Chasseurs arrivent les premiers et découvrent Chikara, qui possède une capacité de type « Restraint ».

Alors que Tatiana combat les Chasseurs d'Annulateurs, elle apprend que Fûko a été blessée par la capacité « Unrepair ». Tatiana ressent de la rancune envers Andy. Pour venger la mort de Gena, elle défie Andy dans un duel. Mais Fûko lui explique que c'est elle qui a tué Gena, s'excuse et déclare vouloir être son amie. Bien que réticente au début, Tatiana accepte de devenir l'amie de Fûko. Tatiana libère même volontairement ses pouvoirs pour sauver Fûko !

Une énorme explosion se produit sur le paquebot de luxe. Andy et ceux qui se trouvaient sur le pont supérieur sont projetés dans les airs. Ils trouvent Rip dans les décombres. S'ils laissent Rip s'échapper, Fûko mourra. Andy demande à Chikara de se préparer à se battre. Rip lance une contre-attaque avec Blade Runner, l'artefact qu'il portait aux pieds ! Des dizaines de lames menacent Andy et les autres…

Fûko et Andy se rendent à l'école de Chikara afin de savoir s'il adhère à l'Union. Alors qu'ils l'attendent, Rip, que tous croyaient mort, réapparaît sous les traits d'un jeune garçon avec un cadeau. Il tend un artefact-pistolet à Fûko. Quand on le touche, l'image de Dieu, l'être que l'Union cherche à vaincre, apparaît. Fûko et Andy ne peuvent cacher leur surprise tandis que Rip leur expose les objectifs de l'Under et sa vision du monde. Chikara entend leur conversation.

Apocalypse lit les quêtes, avec une 100e punition en jeu. Le fait que chaque être vivant sur Terre ait le droit de participer à ces quatre quêtes montre à quel point la difficulté est grande. Mais ce n'est rien, comparé à la déclaration choc de Billy. Il affirme qu'il est impossible pour l'Union de tuer Dieu et il se met à tirer à tout va. Au même moment, l'UMA Burn sort de terre, entouré de flammes, et tente de s'emparer de la table ronde.

Pour récupérer la table ronde volée par l'Under, l'Union lance une opération avec Andy et Fûko à sa tête. Andy se tranche la tête avec le sabre que tient Fûko au moment où celle-ci l'embrasse. Sa tête file dans la bouche de Burn et atterrit dans son estomac. La malchance de Fûko rend les câbles électromagnétiques hors de contrôle et l'unité géante de cryostockage de UMA de Nico entre en action, tandis que le coup de malchance frappe tous ceux qui sont présents. Ils parviennent à stopper Burn.

L'Under a toujours la table ronde, mais l'Union a récupéré Apocalypse. Juiz dévoile aux membres de l'Union que le monde tourne en boucle et qu'il a été détruit et reconstruit maintes et maintes fois par Dieu. L'Union est une organisation qu'elle a créée pour contrecarrer de telles actions. Mais comment Juiz peut-elle être au courant, si le monde tourne en boucle ? Celle-ci en fait la preuve en expliquant comment elle garde ses boucles en mémoire.

Le manga préféré de Fûko, « To You, From Me », pourrait être une histoire sur le passé et l'avenir de ce monde et avoir été dessiné par un artefact. Andy et Fûko ont pour mission de vérifier l'état d'avancement des manuscrits et d'enquêter sur Anno Un. Si la série a bien été dessinée par un artefact, elle date d'avant l'unification des langues, mais y avoir accès n'est pas chose facile. Andy suggère de prendre contact avec l'éditeur en soumettant un manga de leur cru.

Andy et Fûko sont sur le qui-vive en attendant de rencontrer Anno Un sur un banc du parc Stanley, au Canada. Soudain, Anno apparaît, lisant leur manga. Anno leur dit savoir ce qu'ils cherchent. Il le leur donnera s'ils réussissent le défi suivant : « Montrez-moi une fin que je ne verrais pas venir. » Quand, tout à coup, ils entendent un homme crier dans la forêt, Fûko se précipite à son secours.

Andy se transforme en livre sous la griffe d'Autumn qu'Anno Un a matérialisée. À l'aide de l'artefact Soul Caliber, Anno Un extrait l'âme de Fûko pour l'envoyer à l'intérieur du livre d'Andy. Elle se réveille dans le désert, assaillie de coups de feu. Elle est sauvée par une version passée d'Andy qui ne la connaît pas. Pour gagner sa confiance, elle lui dit quels tatouages sont cachés sous ses vêtements et quel sera son avenir.

Fûko entre dans les souvenirs de Victor. Quand il la tue, le temps avance et Fûko passe d'un chapitre à l'autre. L'objectif de Victor est de l'amener à la fin pour la faire sortir du livre. Fûko arrive en 2020, à l'époque où elle a rencontré Andy. Si Victor a raison, c'est sa dernière chance de sauver Andy. Alors que Fûko parcourt Shinjuku à la recherche d'Andy, Victor déclenche une attaque avec ses lames !

Akira Kuno est la vraie personnalité d'Anno Un. Plus jeune, Akira a découvert l'artefact G-Liner, qui permet à la personne qui le touche de voir les événements passés et présents de la boucle en cours. Mais au même moment, Akira a été choisi comme Annulateur et son existence est devenue invisible, un incident qui a bouleversé sa vie à jamais.

Le groupe d'Andy et celui de Rip s'affrontent lors du combat contre Autumn. Les attaques individuelles n'ont plus aucun effet sur un Autumn devenu plus gros. Anno Un demande à Andy de gagner du temps afin qu'il puisse dessiner l'artefact nécessaire pour vaincre Autumn. Anno vise Rip avec un artefact de contrôle du temps et celui-ci retrouve son corps d'adulte. Mais le prix à payer est élevé. De nombreuses émotions contradictoires émergent, alors que tous se mobilisent pour capturer l'UMA !