Les Tortues surprennent deux grosses brutes qui enlèvent une créature aux airs de toutou égaré. Dans une ville mystérieuse située sous New York, elles doivent affronter le Baron Draxum qui retient celle-ci prisonnière.

Donnie offre à ses frères des cadeaux empoisonnés : un casque pour Raph, un tour de cou électrique pour Léo, une combinaison gonflable pour Mikey. Ils affrontent le Chef Rupert Swaggart, transformé en mutant.

April anime des anniversaires avec l'ours Alberto, un robot qui se détraque. Elle appelle les Tortues à la rescousse. / Warren Stone n'est plus un présentateur vedette, mais un lombric. Il provoque les tortues pour faire parler de lui.

Raph et Mikey découvrent le buggy lunaire de Jupiter Jim, dans la casse-auto d'une mante religieuse mutante / Splinter attrape la grippe. C'est le moment ou jamais d'obtenir ce qu'on veut de lui.

Splinter vole la dernière invention de Donnie, le tortue tank. Raph se risque en plein jour à Times Square déguisé en hippopotame pour acheter une robe de chambre à Splinter. Une bataille s'engage avec des cafards mutants.

Léo a détrôné l'idole de Raph, le champion du monde de catch professionnel. / Parcourez le labyrinthe des mutants en moins de 30 minutes et la pizza sera offerte.

Les Tortues veulent à tout prix voir la finale de skate extrême, mais leur wifi tombe en panne. / April se rend à une soirée étudiante du lycée, mais tout le monde a été zombifié par un jeu, l'Hypno-crush.

Le jeune Baxter Stockboy fait des vidéos étranges pour attirer des abonnés sur sa chaîne de blog. Mikey en est fan. // Les Tortues et April font une farce à Raph, qui a une peur terrible d'un personnage de télévision, Miss Câline.

Raph a eu l'idée saugrenue de réunir ses frères dans un seul corps, pour renforcer l'esprit d'équipe. / Alberto appelle tous les robots Alberto à se soulever le jour de l'inauguration du parc Alberto Land.

Donnie veut à tout prix rejoindre le club d'informatique du lycée d'April pour devenir membre des Dragons Pourpres. // Les Tortues doivent sauver leurs pizzerias préférées des griffes d'un groupe de taupes mutantes.

Donnie invente Shelldon, une intelligence artificielle pour s'occuper du repaire. / Mikey tente sa première mission en solo pour récupérer un jeu de Lou Jitsu. Il affronte Karai, qui passe un test pour entrer au Clan des Foot.

Pour éliminer les muta-moustiques du Baron Draxum, les Tortues se rendent dans un hôtel infesté dont la tenancière est une terrible Yokai.

Alors que des hommes-crabes sont sur le point de battre les Tortues, ils se volatilisent. Il arrive la même chose à d'autres mutants. Draxum les a réunis pour former sa ligue de mutants extra-méchants.

C'est la course contre la montre dans New York pour ramener un DVD avant minuit au vidéo-club. // Le groom mutant aide les Tortues à extorquer de la toile filet à Big Mama.

Donnie joue joue à l'apprenti sorcier et transforme ses frères en copies de lui-même. / Todd et Mikey tentent de voler un secret de cuisine à Tas de Viande.

Les tortues veulent appâter Draxum avec du métal mystique tandis que Splinter infiltre le Clan des Foot pour les empêcher de reconstituer une armure maléfique.

Leo demande l'aide de Senor Hueso pour retrouver ses frères dans la ville cachée. / Warren et Hypno-potamus ne se quittent plus, et ce n'est pas Draxum qui va s'interposer.

April aimerait passer une journée normale, sans mutants, ni combats. L'opération journée normale est lancée. / Raph s'est trouvé un nouvel ami, un ninja en papier. Mais le Clan des Foot souhaite le récupérer.

Hueso appelle Leo et Mikey à la rescousse pour sauver son restaurant de deux bandes mafieuses. / Le Baron Draxum doit monter en grade pour prendre la tête du Clan des Foot.

Pour délivrer Pagaille, les Tortues Ninja mettent à sac une bibliothèque mystique. / Accro au jeu vidéo, Donnie est hacké par les Dragons Pourpres et détruit la ville aux commandes d'un mecha.

Raph s'est mué en Raph le sauvage, et il affronte des mutants des égouts // Baxter Stockboy essaie de gagner de l'argent en révélant l'existence des Tortues au monde entier.

Splinter et ses fils remportent un derby de démolition. / Splinter envoie ses fils dérober la médaille du chien de Big Mama.

April récupère la broche camouflage de Sunita que Tas de Viande avait dérobée. // Les Tortues rencontrent Marcus Moncrief, l'acteur qui joue Jupiter Jim.

Les Tortues tentent de récupérer un morceau de métal mystique. // Les Tortues affrontent Grand Ours, devenu Fantôm'Ours.

Draxum décide de déplacer l'armure noire à bord d'un train mystique. Splinter fait appel aux esprits du clan Hamato pour éviter le pire à l'humanité.

April apprend à Splinter que Draxum a capturé ses fils. En échange, ce dernier exige le dernier morceau de l'armure noire. Splinter doit fouiller dans le repaire. Le moment de vérité approche.