En 2383, exilé à Tars Lamora, une colonie minière hors de l'espace de la Fédération dirigée par un criminel qui se fait appeler le Devin, un groupe d'adolescents sans foi ni loi découvre l'USS Protostar, un vaisseau abandonné de Starfleet. Dal, l'un d'eux, doit rassembler un équipage pour le nouveau vaisseau s'ils veulent s'échapper de la colonie...

Dal a réuni un équipage constitué de Zéro, un esclave rebelle, Jankom Pog, un ingénieur, Rok-Takh, un Brikar, et Murf, un bob glouton indestructible. Alors qu'ils s'apprêtent à décoller, ils sont découverts par Drednok, le bras droit du Devin, et sa fille Gwyn. Le petit groupe n'a pas d'autre choix que de prendre Gwyn en otage avant de quitter la colonie...

Janeway, l'hologramme de la vice-amirale Kathryn Janeway, entreprend d'enseigner à l'équipage du Protostar ce que sont la Fédération et Starfleet. Mais, si Zéro, Jankom, Rok-Tahk et Murf se montrent attentifs, Dal, lui, n'a que faire de ces informations. Après s'être désigné lui-même capitaine du vaisseau, il le dirige sans le savoir vers une étoile morte. De son côté, Gwyn prépare son évasion...

Le Protostar se pose sur une planète inconnue. A bord du véhicule d'exploration, les adolescents sillonnent les lieux. Réalisant qu'ils ne courent aucun danger, ils décident de se séparer. Chacun d'eux vit alors une expérience incroyable. Devant leurs yeux ébahis, ils voient apparaître la chose qu'ils désirent le plus au monde. En leur absence, Gwyn a pris le contrôle du vaisseau...

La mystérieuse planète a attaqué ses visiteurs, blessant Murf et Gwyn. Janeway active une balise pour permettre à l'équipage de retrouver le vaisseau. Malgré tout, les adolescents passent des heures à errer, la planète modifiant sans cesse sa topographie. Heureusement, Dal et Gwyn décident de coopérer...

Dal utilise le holodeck pour passer le Kobayashi Maru, l'examen de capitaine de vaisseau. Malheureusement, l'adolescent a beau multiplier les tentatives, il échoue à chaque fois. Gwyn, elle, utilise sa connaissance des langues pour déchiffrer une ligne de code dans la banque de données de Janeway...

L'équipage répond à un appel de détresse provenant d'un autre vaisseau. L'engin est piloté par Nandy, une contrebandière ferengi qui a élevé Dal. Malgré l'opposition de Janeway, celle-ci persuade l'adolescent d'utiliser leur couverture de la Fédération pour remplir une mission personnelle. Le groupe va alors découvrir que Starfleet a des protocoles pour une bonne raison....

Nandi communique au Devin la localisation du Protostar, à des milliers d'années de voyage de la colonie. Après que l'équipage a échoué à résoudre une énigme, le vaisseau traverse une tempête de tachyons. Chacun des adolescents expérimente ensuite une vitesse de défilement du temps différente...

La copie de Drednok communique un message du Devin : si les adolescents acceptent de lui rendre le Protostar, tous les prisonniers de Tars Lamora seront libérés. Après de longues hésitations, ceux-ci acceptent, non sans avoir d'abord élaboré un plan pour berner le Devin. Lorsque celui-ci entre en possession du Protostar, il réalise que la proto-étoile qui alimente son moteur a disparu...

L'équipage détruit Drednok et rétablit le courant dans le Protostar. Le Devin fait d'étonnantes révélations à Gwyn. Il vient du futur pour empêcher une guerre civile, provoquée par le premier contact avec Startfleet, qui anéantira leur peuple. Dans ce but, il veut détruire Starfleet en introduisant un virus informatique dans l'ordinateur de bord du Protostar...

A l'approche de l'espace de la Fédération, l'équipage demande l'asile à un poste frontière dirigé par le lieutenant Frex. Gwyn parvient à restaurer ses souvenirs du plan du Devin. Malheureusement, quand elle prévient Frex, il est déjà trop tard. Celui-ci s'est connecté à l'ordinateur du Protostar...

L'équipage arrive à localiser le virus, mais ne parvient pas à le détruire. Lorsqu'ils rencontrent un cube Borg en sommeil, ils se demandent s'ils ne pourraient pas l'utiliser pour désactiver le virus. Mais leur opération se passe mal, et les adolescents se retrouvent en danger. Ils décident de replonger le cube dans le sommeil et de retourner à bord du Protostar...

Le Protostar répond à un appel de détresse provenant d'une planète de classe M. Seul Murf, qui se sent mal, reste à bord du vaisseau. Les autres membres d'équipage découvrent alors une race d'extraterrestres qui vénèrent Starfleet. Tous souffrent d'une maladie mystérieuse. Dal est rapidement contaminé...

L'équipage décide de rejoindre Starfleet dans un autre vaisseau et cache le Protostar près d'une plateforme de correspondance très fréquentée. Là, Janeway, qui est en train de chercher le lieutenant Frex, aperçoit les adolescents. Poursuivis par la vice-amirale, le petit groupe rejoint rapidement le Protostar...

L'équipage s'arrête dans la zone neutre pour effectuer quelques réparations sur le vaisseau. Ils se retrouvent alors au milieu d'une confrontation tendue entre Starfleet et les Romuliens. Okona leur présente le docteur Jago, une généticienne frondeuse qui a des informations troublantes sur le passé de l'un d'entre eux...

Alors qu'ils sont en train de réparer le Protostar, les adolescents se remémorent leur passé. Ils évoquent les raisons qui les ont amenées à être détenus à Tars Lamora. Pendant ce temps, à bord du Dauntless, Asencia aide le Devin à combler les lacunes dans ses souvenirs pour sauver le Vau N'Akat...

Les adolescents sont en train d'utiliser le holodeck lorsqu'ils se retrouvent piégés dans leurs simulations. Zéro est ainsi enfermé dans un roman policier, Jankom dans un combat de rue et Murf dans un club de jazz. Heureusement, Zéro trouve la solution pour sortir de ces mondes virtuels. Janeway leur révèle alors qu'elle est à l'origine de ce bug...

Le Protostar prend la direction de l'espace de la Fédération, le Dauntless le suivant de près. Dal utilise ses nouvelles capacités télépathiques pour avertir Janeway de la présence du virus. Comme il ne maîtrise pas encore son don, il échange accidentellement son corps avec celui de la vice-amirale...

L'équipage tente d'échapper à l'armada de la Fédération, mais en vain. Le Vindicateur, le Devin et Drednok se téléportent sur le vaisseau. Gwyn tente de s'opposer au Vindicateur, mais est maîtrisée par Drednok. En tentant de sauver sa fille, le Devin est grièvement blessé. Avant de mourir, il confie une mission à Gwyn. Le Vindicateur active l'arme et la flotte commence à s'autodétruire...

L'équipage pense pouvoir arrêter la destruction en cours en sacrifiant le Protostar. L'hologramme Janeway mène les opérations, prenant tous les risques, tandis que les adolescents s'échappent à bord d'un vaisseau de secours qu'ils ont bricolé. A leur arrivée sur terre, ils sont jugés. La vice-amirale prend leur défense...