Voilà douze ans que Yugo, alors nouveau-né, a été confié au chasseur de prime Alibert. Depuis, Yugo et son père adoptif coulent des jours tranquilles comme tenanciers de l'auberge du Bouftou Croustillant à Emelka. Mais le destin de Yugo bascule lorsqu'il découvre qu'il est capable d'ouvrir des portails de téléportation magiques...

Accompagné de Tristepin, un Iop à qui il a sauvé la vie, et de Ruel Stroud, un vieil ami chasseur de primes de son père, Yugo se rend dans la Forêt Interdite à la recherche d'un moyen de libérer les habitants de son village, frappés par un mal étrange. En chemin, il fait la connaissance d'Amalia, une princesse Sadida en fuite, et de sa garde du corps, Evangelyne...

Yugo est parti en quête de sa vraie famille qui se trouve sur la mystérieuse île d'Oma. A la recherche d'une carte pour les aider à localiser l'île, Yugo et ses nouveaux compagnons se rendent au marché de Kelba. Mais un sinistre personnage, surnommé le Corbeau noir, hante les lieux, attaquant les marchands...

En chemin vers l'île d'Oma, Tristepin tombe dans un piège. Le voilà prisonnier d'une tour ensorcelée et de ses habitantes, une horrible bande de princesses moches. Si Yugo et ses amis ne font pas preuve d'imagination pour le libérer, Tristepin risque fort de finir transformé en crapaud...

Alors qu'ils traversent un village de Flaqueux, des créatures stupides et peureuses opprimées par une horde de Taures, Yugo et ses amis, incapables de laisser passer cette injustice, décident d'apprendre aux Flaqueux à se défendre. Mais comment faire lorsque ceux-ci se transforment en flaque d'eau à la moindre contrariété ?...

La carte magique est formelle : le chemin vers l'île d'Oma passe par le bourg des Katrepat, un village lugubre dont les habitants ne respirent pas la joie et la bonne humeur. Très vite, Yugo et ses amis découvrent que l'endroit vit dans l'ombre du terrible comte Vampyro. Ils vont tout faire pour compromettre ses noirs desseins...

Empoisonnée par une rose démoniaque, une fleur vivante au venin mortel, Amalia est emmenée d'urgence chez l'Eniripsa d'un village tout proche. La guérisseuse met Yugo sur la piste d'un antidote mais, pour s'en emparer, il doit affronter une vieille Sadida farfelue et machiavélique...

Une nouvelle fois égarés, Yugo et ses amis arrivent à Chtibrout, un village de boulangers où ils font la connaissance de Xav le Boulanger. Ce dernier se prépare pour le célèbre tournoi du Meilleur Pain, qui se déroule tous les cinq ans. Malheureusement, les participants ne sont pas tous fair-play...

En quittant le village de Xav, Yugo et ses amis rencontrent un héraut chargé de mettre en garde les gens fortunés contre un cambrioleur aussi insaisissable que doué. La nouvelle met Ruel dans tous ses états. Il décide de rentrer chez lui pour vérifier que sa fortune ne lui a pas été dérobée...

Yugo et ses compagnons arrivent à Bonta où ils comptent acheter un bateau pour se rendre sur l'île d'Oma. Mais avec les Kamas qu'ils ont en bourse, ils ont à peine de quoi s'offrir une barque. Pour Ruel, il n'y a qu'une façon de se renflouer : remporter la finale de huitième division de Boufbowl...

Ruel entre sur le terrain à la tête des Réal Boitard, son ancienne équipe de Boufbowl, persuadé qu'il est largement de taille à pulvériser la jeune équipe adverse, les Bouftons rouges. Mais Ruel n'a plus la force de ses 20 ans et la fourberie juvénile de ses adversaires a tôt fait de le lui rappeler...

Pour soulager ses vieux coéquipiers du Réal Boitard, Ruel décide de faire jouer les remplaçants. Yugo, Amalia et Evangelyne entrent donc sur le terrain de Boufbowl, bien conscients qu'ils n'ont pas le dixième de l'expérience des Bouftons rouges. Mais Yugo est optimiste quant à l'issue du match...

Yugo et ses amis ont fait l'acquisition d'un bateau pour se rendre sur l'île d'Oma. Yugo touche enfin au but : il va pouvoir retrouver sa famille. Mais le petit groupe ignore qu'un septième passager, aux intentions particulièrement malveillantes, s'est invité à bord. Ils ne sont pas au bout de leurs surprises...

En route vers l'île d'Oma, Yugo et ses amis sont pris dans une terrible tempête. Leur bateau est rejeté sur une île peuplée de Caniboules, un peuple Sadida primitif qui a pour mauvaise habitude d'offrir les étrangers en sacrifice au grand et terrifiant Moon, leur singe vénéré...

Ayant subi l'attaque d'un monstre marin gigantesque, Yugo et ses amis s'échouent à nouveau sur une île, qui s'avère être celle d'Oma, le terminus de leur voyage. Pour Yugo, c'est le moment tant attendu des retrouvailles avec sa famille. Mais le destin lui réserve encore bien des surprises...

Yugo continue sa découverte de l'île de d'Oma avec Adamaï, son frère dragon. Pendant ce temps, en explorant les cavernes, les compagnons trouvent les restes d'un temple très ancien, gardé par Grougaloragran, un dragon terrifiant. Pour ne rien arranger, les Grouilleux de Nox débarquent sur l'île...

Le combat entre le dragon Grougaloragran et Nox fait rage. Perdus dans les glaces du grand Nord, Yugo et ses amis attendent la fin de ce combat ultime, la tension au ventre. C'est le monde des douze qui est en jeu. Nox, de son côté, ne s'attendait pas à devoir affronter un adversaire aussi puissant...

Grougaloragran a failli. Les amis vont devoir se partager en deux groupes : les compagnons doivent rejoindre le royaume Sadida pour les prévenir de la menace que représente Nox et, de leur côté, Yugo et Adamaï doivent aller chercher le Dofus dans lequel Grougaloragran va se réincarner...

De retour chez elle, Amalia réalise que les choses ont bien changé. En effet, le roi, son père, est absent et c'est le frère d'Amalia qui s'occupe de la régence du royaume. Elle risque fort d'avoir du mal à se faire entendre. De leur coté, Yugo et Adamaï poursuivent leur quête du Dofus...

Le roi Sadida est au chevet de l'Arbre de vie, coeur du royaume Sadida, qui est mystérieusement malade. Outrepassant l'interdiction du prince Armand, Amalia et Evangelyne se rendent auprès du roi pour le prévenir de l'attaque imminente du royaume par Nox. Ruel cherche un moyen de s'évader...

Yugo et Adamaï sont arrivés sur l'île où Grougaloragran a caché son Dofus de Sauvegarde. Dans l'espoir de découvrir de nouveaux pouvoirs, Yugo se lance dans une traversée de l'impitoyable désert en solitaire. Mais Igôle, le terrible limier de Nox, a également posé ses pattes sur l'île...

Rongé par la honte, Tristepin a fini sa fuite dans le désert et se met en quête de la tombe de son ancien maître, Goultard. Ce dernier n'est pas mort et, sous son égide, Tristepin découvre comment devenir un vrai gardien de Shushu. Pour cela, il doit affronter et maitriser Rubilax...

Yugo et Adamaï atteignent le but de leur voyage : le sanctuaire secret dans lequel Grougaloragran a caché son Dofus. Là, ils font la connaissance du gardien du Dofus. Mais Igôle n'est pas mort, contrairement à ce que les compagnons pensaient. La fille du gardien l'a adopté, ignorant tout de sa dangerosité...

Le royaume Sadida est sur le pied de guerre, se préparant à l'inévitable attaque des troupes de Nox. Il faut coûte que coûte empêcher l'horloge du Xélor de poser ses pattes sur l'île. Amalia et Evangelyne attendent sans trop l'espérer le retour de leurs compagnons...

Nox et ses troupes ont posé le pied sur l'île. Le Xélor s'attaque sans plus tarder au but de sa croisade : le Wakfu contenu dans l'Arbre de vie. Mais le coeur du royaume Sadida est gardé par la gigantesque muraille végétale des arbres protecteurs. De plus, la confrérie du Tofu est presque au complet. Ensemble, ils comptent bien tenir le siège...

Le siège n'a pas tenu et la bataille finale pour protéger l'Arbre de vie commence. Les héros ont un dernier atout : Yugo, avec l'aide de son frère Adamaï, a pénétré dans l'horloge à l'insu de Nox avec le fol espoir de s'emparer de l'Eliacube, source du pouvoir de Nox. Tout repose sur leurs épaules désormais...