Dexter Morgan a disparu il y a plus de dix ans. Cependant, il n'est pas mort : sous le nom de Jim Lindsay, il mène une existence paisible dans une petite ville de l'Etat de New-York et a réussi à réprimer ses instincts meurtriers. Jusqu'à ce qu'un nouveau venu se présente en ville et s'intéresse à lui.

Harrison raconte à son père son parcours de ces dernières années et pourquoi il a cherché à le retrouver. Dexter tente discrètement de faire cesser l'enquête autour de la disparition de Caldwell, son premier meurtre depuis dix ans. Le père du disparu vient contrarier ses plans au dernier moment.

Dexter apprend que le chef Bishop compte effectuer des recherches avec des chiens. Cela l'oblige à déplacer le corps de Matt. Le tueur inconnu abat la jeune femme qu'il avait enlevée alors qu'elle était sortie du bunker. Harrison commence les cours. Il sympathise avec un adolescent victime de brutalités.

Dexter se précipite à l'école, où Harrison a été blessé par Ethan, qui voulait commettre une tuerie, et a fini blessé par Harrison. Cependant, Dexter examine la scène et comprend que son fils est le véritable agresseur. Molly Park propose son aide à Angela dans l'affaire des jeunes femmes disparues.

Dexter s'emploie à protéger son fils de la tentation de la drogue. Ce faisant, il libère à nouveau son sombre passager. Pendant ce temps, Angela et Molly, en voyage à New York, commencent à se poser des questions sur un habitant de leur village, personne qui n'avait jusque là éveillé aucun soupçon.

Il semble que quelqu'un a découvert la véritable identité de Jim Lindsay. Cela amène Dexter à penser qu'il pourrait bien y avoir un autre tueur en série dans la ville. Son fils Harrison perd tout contrôle pendant un match de lutte. Angela, de son côté, fait une découverte plutôt inquiétante.

Dexter passe du statut de prédateur à celui de protecteur, inquiet qu'un tueur en série ait jeté son dévolu sur une personne à laquelle il tient profondément. Angela arrête une personne qui pourrait être le coupable d'une affaire classée. Harrison se tourne vers une personne très dangereuse comme figure paternelle. De plus, Angela fait une découverte macabre : le corps de sa camarade de classe et amie, disparue depuis vingt-cinq ans. C'est à Dexter et non à Jim qu'elle demande de l'aide. Il trouve un échantillon de peau humaine sur la dent de la victime, qui pourrait permettre une reconnaissance d'ADN. Dexter révèle à Angela l'histoire de Molly et de la cabane de Kurt Caldwell.

Dexter se bat pour sa vie dans les bois, ce qui conduit à une confrontation dans un camp d'été abandonné. Harrison se retrouve déchiré entre deux figures paternelles qui peuvent le mener sur deux chemins très différents. De son côté, Angela commence à faire des découvertes inquiétantes.

Dexter et Harrison se retrouvent plus proches que jamais pendant les vacances de Noël. Dexter se confie à son fils, allant jusqu'à lui révéler l'existence de son Passager Noir, et de son Code. Mais cela amène malheureusement Dexter et Harrison dans le collimateur d'un tueur en série violent.

Angela arrête Dexter pour le meurtre de Matt Caldwell, mais il parvient à réfuter toutes les preuves qu'elle lui présente. Acculé, ce dernier parle alors à Angela du bunker de Kurt ; troublée, elle confie son prisonnier à Logan pour se rendre sur place. Dexter viole encore son code d'honneur pour s'enfuir.