Le Tardis ressort considérablement endommagé par la récente régénération du Docteur. Les avaries causées au système de commandes sont telles que le vaisseau s'écrase sur Terre. Le nouveau Docteur réalise alors avec effroi qu'il dispose d'à peine vingt minutes pour sauver le monde des griffes maléfiques des Atraxi. Fort heureusement une jeune femme nommée Amy Pond est là pour l'aider...

Amy fait son premier voyage spatiotemporel à bord du Tardis. Le Docteur l'emmène au XXIXe siècle où elle découvre la Grande-Bretagne de l'espace. Le vaisseau spatial Starship UK abrite le futur peuple britannique, qui explore les étoiles à la recherche d'un nouveau lieu où s'établir. En le visitant, Amy rencontre les terrifiants Smilers...

Le Docteur est contacté par un vieil ami qu'il pensait ne jamais revoir. Mais l'aventure temporelle happe à nouveau le Docteur qui se retrouve face à face avec son pire ennemi. Les Daleks sont de retour. Est-il possible que le plus grand des héros modernes de l'Angleterre soit de mèche avec eux ?...

Le Docteur et Amy partent à la recherche du dernier des anges pleureurs. Cette mission que leur a confié le père Octavian est de la plus haute importance. En chemin, ils localisent l'épave d'un vaisseau battant pavillon du Byzantium. Est-il possible qu'un ange pleureur croise également dans le secteur ?..

Le Docteur, Amy et River Song sont toujours à la poursuite des anges pleureurs. Rapidement, ils réalisent qu'ils sont sérieusement menacés par un danger beaucoup plus grand...

Le Docteur emmène Amy et Rory dans le Venise du XVIe siècle, pour une escapade des plus romantiques. Cependant, ils constatent très vite que la terreur règne entre les canaux des différents sistieri. Quel secret est caché par la maison Calvierri ? Le Docteur comprend qu'il va devoir identifier une intrigante se faisant appeler Rosanna...

Cela fait maintenant environ 5 ans qu'Amy a effectué son dernier voyage à bord du Tardis avec le Docteur. Celui-ci revient la voir à l'aube de la naissance de son premier enfant. La jeune femme se retrouve alors à devoir faire face à un choix qui pourrait bien changer sa vie pour toujours...

Alors qu'il voulait emmener Amy et Rory à Rio, le Docteur atterrit finalement dans un village minier gallois en 2020. Un puits de forage, qui a atteint 21 kilomètres de profondeur, semble être à l'origine d'événements mystérieux...

Le Docteur tente à tout prix d'éviter une guerre entre les Silarius et les humains. Mais face à cette potentielle apocalypse, le Docteur découvre qu'un terrible danger le menace...

Le Docteur et Amy se retrouvent en France, dans un cadre de rêve, entre deux époques. Ils font la connaissance du ténébreux Vincent Van Gogh et sympathisent avec cet artiste à part. Mais un terrifiant alien leur fait vite comprendre à quel point il s'agace des subtilités de la peinture moderne...

Le Docteur apprend qu'une maison des plus banales cache un mystère. En effet, des gens disparaissent sans laisser de trace. Afin de résoudre cette énigme, le Docteur décide de mener sa propre enquête. Il tente de se faire passer pour un humain et s'installe en colocation avec un dénommé Craig Owens...

Le Docteur découvre que River Song tente de prendre contact avec lui. Elle a en effet un important message à lui délivrer, et ce dans les meilleurs délais. D'après les observations des scientifiques, un portail est sur le point de s'ouvrir. Or il retient prisonnière une gigantesque créature...

Le Docteur découvre que ce sont les Daleks qui ont emprisonné la créature au-delà de la porte de Pandorica. Il décide alors d'effectuer plusieurs voyages dans le temps afin de trouver un moyen de neutraliser ce monstre dévastateur. De son côté, Amy se retrouve perdue en 1996, dans un musée en compagnie de sa vieille tante. Quant à River Song, elle a disparu sans laisser de trace...