Trois enveloppes sont envoyées au Docteur, à River Song, à Amy et Rory. Chacune contient une date, une heure et une référence géographique. Ils se retrouvent alors réunis au milieu du désert de l'Utah. Avec cette convocation, les amis du Docteur découvrent un secret qu'ils ne peuvent pas lui dévoiler...

Amy, Rory et River Song sont poursuivis par le FBI. Canton Everett Delaware III vient à leur secours. L'équipe doit impérativement lutter contre les Silents, une force extraterrestre. Le Docteur monte une révolution pour les chasser et retrouver une petite fille disparue. Le président Nixon l'aide...

Le Docteur, Amy et Rory se retrouvent sur le bateau pirate du capitaine Avery qui est attaqué par une sirène. Avec ses chants, elle attire les marins pour ensuite les faire disparaître. Le Docteur demande aux matelots de se réfugier dans la poudrière. Enfermé, l'équipage est victime de claustrophobie...

En voyage, le Docteur détecte un signal de détresse d'un Seigneur du Temps. Il se dirige vers cet appel et atterrit sur une planète dépotoir avec Amy et Rory. Le Docteur rencontre les étranges Tantine, Tonton, Neveu et Idris. Interloqué, il comprend que cet appel est un piège pour les Seigneurs du Temps...

Le Docteur cherche à savoir si Amy est enceinte. Mais le Tardis est emporté dans un tsunami solaire. Le Docteur, Amy et Rory se posent sur la Terre au XXIIe siècle. Ils y découvrent une catastrophe industrielle. Des clones effectuant des opérations dangereuses ont pris la forme de ceux qui les contrôlent...

Le tsunami solaire progresse sur l'île. Un Ganger tente de monter une rébellion avec les autres clones contre les humains. Le Docteur essaye de calmer la situation, mais sa tâche se complique avec l'apparition de son clone. Les humains attendent avec impatience une navette pour évacuer vers le continent...

Amy a été enlevée. Elle se retrouve emprisonnée dans une base astéroïde. Le Docteur et Rory décident de rassembler une armée pour la sauver. Pour y arriver, ils tentent de recruter River Song. Cette dernière refuse en arguant que sa véritable identité va être révélée au cours de cette bataille...

Amy, Rory et le Docteur doivent à nouveau embarquer dans le TARDIS sous l'impulsion de Mels, une amie d'enfance. Cette dernière est poursuivie par la police. Mais l'équipe est contrainte d'atterrir en catastrophe. Elle se retrouve à Berlin, dans les années 30, au sein du bureau d'Adolf Hitler...

Le Docteur détecte un signal de détresse. Il provient de la chambre d'un enfant. George n'arrive pas à dormir. Il est terrorisé par ses jouets démoniaques. Ses parents, Alex et Claire, sont démunis face à cette situation. Le Docteur décide d'aider George. Il découvre dans son placard des choses étranges...

Le Docteur se dirige avec Amy et Rory vers la planète Apalapucia, mais l'équipe se retrouve finalement dans une salle blanche. Le Docteur et Rory regagnent le TARDIS au contraire d'Amy. Elle atterrit dans un courant temporel prévu pour soigner une épidémie. Rory part à sa recherche pour la sauver...

L'équipe se rend vers une autre planète avec le TARDIS. Elle découvre un hôtel surprenant au décor des années 80. Il s'agit d'une structure extraterrestre hantée par un être étrange. Il absorbe la vie des habitants en les attirant dans une chambre. Chaque pièce contient les peurs de ses visiteurs...

Avant d'affronter la mort au lac Silencio, le Docteur décide de rendre visite à son ami, Craig Owens. Ce dernier est heureux de retrouver le Docteur. Mais il se rend compte que son ami est victime d'une série de perturbations électriques. Craig souhaite aider le Docteur qui refuse par peur du risque mortel...

Le Docteur tente sa dernière chance pour ne pas mourir au lac Silencio. Il part à la recherche de l'ordre du Silence pour découvrir pourquoi il doit mourir. Il apprend que le Silence l'empêche de poser la plus ancienne question de l'univers. Résigné, il écrit des lettres à Amy, Rory et River Song...