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Plusieurs mois ont passé depuis la mort de Joe Carroll. Ryan Hardy vit à New York et se reconstruit peu à peu. Pour ses proches, il a tourné la page. Mais en fait, il est toujours obsédé par Carroll et ses disciples. Un an jour pour jour après la mort du tueur en série, un massacre est commis dans le métro...

Ryan est hanté par les meurtres dans le métro. Des coups de téléphone anonymes ne font qu'accroître son obsession. Il réalise que les disciples du tueur en série le suivent à la trace. De son côté, Joe semble mener une vie tranquille à la campagne auprès de Judy, sa nouvelle compagne...

Après avoir tué le révérend, Joe s'aperçoit que son besoin de tuer est plus que jamais présent. Il décide alors de partir pour retrouver ses adeptes. De son côté, Emma fait connaissance avec les jumeaux et Giselle. Alors qu'elle se trouve avec eux, le FBI fait une descente dans la maison...

Carroll et Mandy se rendent chez Jana, amie de Carroll, qui lui fournit une fausse carte d'identité et de l'argent. Pendant ce temps, Lily se réfugie dans une vaste propriété où elle retrouve Luke et Mark ainsi que d'autres adeptes. Elle y rencontre également Emma, qui se méfie d'elle...

Joe décide de reprendre son ancienne apparence. Il apprend alors à faire connaissance avec Lily Gray, mais les premiers conflits ne tardent pas à apparaître. Emma lui demande des comptes et Lily lui fait un cadeau qui remet en cause son libre arbitre, le poussant dans ses retranchements...

Ryan et Max localisent Lily et le groupe. Ils préviennent aussitôt le FBI, mais Weston ne souscrit pas à leur plan. Il a sa propre idée sur le meilleur moyen d'arrêter les tueurs. De son côté, Joe se retrouve empêtré dans sa relation avec Lily...

Après la fusillade, Joe, Emma et Mandy parviennent à prendre la fuite. Ils trouvent refuge dans la communauté de Korban. Mais l'accueil qu'ils y reçoivent est très loin d'être chaleureux. Lily Gray appelle Hardy pour le prévenir qu'elle va lui faire payer les souffrances qu'il lui a causées...

Tandis que, dans la communauté de Korban, Joe se fait peu à peu sa place, Ryan se lance à la recherche de son mentor, suivi de près par la reporter Carrie Cooke.

Max examine les profils des agents qui pourraient être à l'origine de la fuite. Il soupçonne notamment Gina Mendez, qui était en charge du dossier Joe Carroll. Il n'en croit pas ses yeux, mais doit se rendre à l'évidence : Gina a eu accès aux mails de Parker au moins six fois au cours des derniers mois...

Joe est parvenu à prendre le contrôle de la communauté de Korban. Il exploite la crédulité et la fragilité des jeunes membres du groupe à son avantage, les convainquant qu'ils ne trouveront la rédemption qu'en faisant couler le sang. De son côté, Ryan est déstabilisé par le docteur Strauss, qui considère qu'il ressemble bien plus à Joe qu'il ne l'imagine...

Le comportement manipulateur de Joe met Emma et Mandy mal à l'aise. Celle-ci préfère quitter la communauté. En revanche, les autres disciples du tueur en série se montrent prêts à appliquer ses enseignements. A New York, une boulangerie est la scène d'un terrible massacre. La police soupçonne Joe...

Dans la population, des voix s'élèvent pour condamner Joe Carroll et ses disciples. Au cours d'un service puis dans un entretien avec Carrie Cook, le pasteur Kingston Tanner compare le tueur en série à l'Antéchrist. Furieux, Joe décide de se venger de l'homme d'Eglise en kidnappant son fils. De son côté, Ryan est toujours sous le choc après avoir découvert que Claire est en vie...

Alors qu'il tente de pousser le fils du révérend à tuer une des adeptes de Korban lors d'une cérémonie sacrificielle, Joe manque de se prendre une balle. Après avoir soupçonné un des siens, il finit par comprendre que Ryan a réussi à infiltrer la secte. Il le fait capturer par ses disciples...

Tandis que la police fouille ce qu'il reste du campement de Korban, Ryan et Mike Weston traquent toujours Joe. Ils sont persuadés que Kingston Tanner est en danger, mais celui-ci refuse d'être protégé. Malheureusement, Tanner est enlevé par des disciples de Joe et transporté dans une église...

Tandis que Ryan aide les démineurs à désamorcer les bombes placées dans l'église, il reçoit un appel de Luke et Mark. Les deux frères exigent que Ryan et Joe les rejoignent à l'extérieur du bâtiment, faute de quoi ils tueront Claire. Mais le face à face tourne rapidement au bain de sang...