Au XXVIe siècle, l'humanité est en guerre contre le Covenant, une alliance de plusieurs espèces extraterrestres. Ce conflit mené par les Spartans, des soldats d'exception, comme John-117, ou des scientifiques comme le docteur Halsey, se déroule à travers toute la galaxie. L'adolescente Kwan Ha, de son côté, est la seule survivante de la planète Madrigal, où des rebelles luttaient pour leur indépendance.