A la fin de ses vacances en Jamaïque, toute la famille Stone ne peut pas embarquer dans le même avion et prend deux vols distincts. Quand le deuxième appareil atterrit, les passagers découvrent effarés que cinq ans et demi se sont écoulés et que plus rien n'est pareil, ni dans le monde ni dans leur vie...

Les vingt passagers du vol 828 présents sur le tarmac lors de l'explosion de l'appareil sont confinés et interrogés un par un par la NSA. Ben est interpellé par un autre passager, Radd, qui a besoin de lui pour aider son fils, Adio, emprisonné. Grace a du mal à se montrer dénudée devant Ben...

Ben et Michaela enquêtent sur le meurtre d'une des passagères du vol 828, Kelly Wing Taylor. Tout le monde est sur les nerfs, se demandant si elle a été tuée parce qu'elle a parlé. Les autres passagers sont-ils eux aussi en danger ? Doivent-ils s'attendre à être tués au coin d'une rue ? Ben et Michaela craignent pour les leurs...

Alors qu'elle marche dans les couloirs de l'hôpital, Saanvi a la vision d'une femme grise comme une statue, qui laisse derrière elle des empreintes de pas mouillées. Elle se rend ensuite chez le neurologue pour lui montrer ses scanners cérébraux en lui faisant croire qu'il s'agit de ceux d'une de ses patientes...

Cal entraîne Ben dans une aventure mystérieuse. C'est l'occasion pour le père de poser un regard nouveau sur les particularités de son fils.

Caleb, pris d'une forte fièvre, doit être hospitalisé. Saanvi et Ben réalisent qu'il parle bulgare dans son délire. Ils font le rapprochement avec un passager bulgare introuvable depuis qu'ils ont quitté le hangar. Ben et Michaela réalisent que cinq bus ont quitté le hangar, mais qu'un des véhicules a disparu...

Les soupçons se concentrant sur Unified Dynamic Systems, Ben décide de les espionner par la voie financière : il entre comme simple comptable dans le cabinet d'expertise qui gère les comptes d'UDS. Ses recherches le conduisent rapidement à Fiona Clarke, scientifique qui se trouvait à bord du vol 828...

Ben est inquiet car Caleb veut retourner en cours maintenant qu'il va mieux, mais Ben a peur que les tests sur les passagers disparus reprennent et que Caleb fasse une rechute. Michaela conseille à son frère de le laisser y aller et de prendre soin de Grace...

Lorsque Ben et Michaela jouent le tout pour le tout afin de sauver les autres passagers qui manquent à l'appel, la situation prend un mauvais tour.

Dans la maison sur la plage où sont rassemblés tous les passagers sauvés des expériences, Autumn les voit tous avoir un soubresaut en même temps. Elle appelle Saanvi et Fiona, mais les deux scientifiques ne comprennent pas ce qui se passe. Ben, de son côté, se rend à la cérémonie en l'honneur de Vance...

Ben tient compte des appels reçus par Cal pour aider le capitaine Daly, qui tente de prouver son innocence. De son côté, Michaela épaule Autumn.

Grace et Ben, qui mettent tout en oeuvre pour localiser Cal, font une découverte surprenante. De son côté, Michaela se retrouve confrontée à Autumn.

Ezekiel refuse de rentrer à New York. Michaela reste avec lui pour en savoir plus. Ils entendent un appel commun : Repars !. Tentant de comprendre cette injonction, Ezekiel retourne dans la grotte où il était bloqué puis à la stèle érigée à la mémoire de la soeur d'Ezekiel, morte par sa faute...

La disparition de Saanvi inquiète Ben, qui suspecte un groupe de fanatiques. Michaela fait face aux conséquences de ses retrouvailles avec Jared.

James Griffin, braqueur et auteur d'un double homicide, ressort indemne de l'East River, après avoir passé plus de trois jours dans l'eau : 82 heures et 8 minutes, précisément. 8-2-8. Il s'agirait donc d'un nouveau réapparu, comme Ezekiel. Saanvi confirme qu'il a le même marqueur sanguin...

Les tensions entre Jared et Ezekiel atteignent un seuil critique. Ben, Michaela, Saanvi et Ezekiel font une découverte importante qui les bouleverse.