Sa famille ayant été assassinée par un groupe d'hommes masqués, Joe Logan est approché par des agents du FBI, Mike et Emma, qui enquêtent sur le meurtre de sa femme et son fils.

Higan apprend que plusieurs victimes de meurtres étaient toutes d'anciens ninjas qui se sont fait démasquer. Higan décide de retrouver le chef des ninjas et jure de venger la mort de sa femme et de son fils en détruisant l'organisation.

Yamaji demande à ses lieutenants de découvrir comment Higan a survécu. Pendant ce temps, Mike et Emma collaborent avec Higan pour enquêter sur AUZA.

Un mystérieux bienfaiteur prévient Higan qu'il lui est impossible d'infiltrer AUZA City sans aide. Mike et Emma n'ont que de légères blessures après leur accident et reprennent leur enquête sur AUZA et les ninjas.

Grâce aux informations d'Emma, Mike débusque Jason, un ex-employé d'AUZA. Pendant ce temps, Higan tente d'entrer dans AUZA City. Il suit les indications d'un mystérieux allié tout en tentant d'échapper à Zai.

Aska sauve Higan d'une mort certaine, et sa véritable identité est dévoilée. Mike apprend qu'il est désormais recherché par sa propre agence, le FBI.

Alors que Higan et Lil se battent, Higan parvient à se synchroniser avec son Gusoku Gear, le "Kamui". Puis Yamaji ordonne à Zai d'éliminer Higan.

Le PDG d'AUZA rêve de prendre le contrôle total de l'infrastructure énergétique du pays en utilisant l'organisation ninja de Yamaji.

Emma et Jason unissent leurs efforts pour pirater AUZA, tandis que Mike et Higan repoussent un escadron de mercenaires.

Higan reçoit une lettre de Zai le défiant en duel. Mike et Jason veulent divulguer au public les données qu'ils ont hackées chez AUZA.

Higan remporte son duel contre Zai, mais l'épargne. Joseph envoie ses mercenaires attaquer les ninjas, après s'être brouillé avec Yamaji.

Dilly respecte ses ordres en protégeant Joseph et combattant Yamaji. Higan reçoit un visiteur surprise. Mike est capturé par le FBI.

Higan et Yamaji se livrent à une bataille décisive, à laquelle Zai participe également. Mike tente de retrouver Joseph avant qu'il ne fuie le pays.