Au début du XVIIe siècle, l'Angleterre et la Hollande envoient en Asie une flotte de vaisseaux remplis de produits manufacturés pour briser le monopole commercial détenu par le Portugal et l'Espagne. Mais les bâteaux subissent de nombreuses avaries et quelques marins seulement arrivent au terme du voyage...

Dès son arrivée au Japon, John Blackthorn apprend que Toranaga, le puissant seigneur des huit provinces, souhaite le rencontrer. Mais lors de son entretien avec Toranaga, Blackthorn ne parvient pas à le convaincre que ses intentions sont pacifiques et le puissant seigneur décide de le mettre en prison...

Le parcours iniatique du navigateur anglais John Blackthorne se poursuit puisqu'il a maintenant gagné la confiance du tout-puissant seigneur Toranaga. En sa compagnie, John Blackthorne découvre les combats, la tentative de suicide que les Européens apellent Hara-Kiri, et les joies de l'amour...

Arrivé à Anjiro, le seigneur Toranaga élève l'Anglais au rang d'Atamoto. Il exige également qu'il apprenne à parler japonais. Toranaga prévient Yabu, le chef du village d'Anjiro. Si Blackthorn ne maîtrise pas leur langue dans six mois, le village sera réduit en cendres et ses habitants exécutés...

Blackthorn échappe à une tentative d'assassinat grâce aux samouraïs qui le protègent. Le meurtrier n'est autre que le pilote portugais Vasco Rodrigues, qui avait appris que l'Anglais prévoyait d'attaquer le Bateau noir des Espagnols. Mais Blackthorn ne semble pas ému par cette tentative d'assassinat...

John Blackthorn et Mariko sont retenus prisonniers par Ishido dans la citadelle d'Osaka. Une nuit, un groupe de samouraïs sous les ordres de Yabu parvient à s'introduire jusqu'à leurs appartements et à les délivrer. Cependant, Mariko est tuée par le souffle d'une bombe qui explose durant l'opération...