Jeune femme de caractère, fougueuse, à la fois enfant de la nature et garçon manqué : voici la duchesse Elisabeth de Bavière, surnommée Sissi ! Celle-ci s'apprête à se rendre à Bad Isch, dans le sud de la Haute Autriche, où sa sœur aînée, la duchesse Hélène Néné de Bavière, doit annoncer ses fiançailles avec l'empereur Franz Josef.

Désormais fiancée, Sissi voit sa vie complètement changer. Son futur est déjà tout tracé et elle doit se préparer rapidement à son prochain rôle : devenir impératrice. Malgré l'amour qu'elle porte à Franz, Sissi peine à le comprendre parfaitement. Fanny, une prostituée, devient une amie inattendue. Elle devient sa dame d'honneur et sa proche confidente. L'évément du siècle approche : le mariage.

La nuit de noces de Sissi est un échec. Mais devant sa mère, l'austère l'archiduchesse Sophie, l'empereur affirme que leur mariage a bien été consommé. Fanny est soupçonnée par la comtesse Esterhazy d'être un imposteur et elle est bannie de la cour. Lors de leur lune de miel, les jeunes mariés se rapprochent...

Sissi consomme enfin son mariage et retrouve Fanny en secret pour lui demander conseil afin de tomber enceinte. En Lombardie, une attaque de rebelles oblige François-Joseph à participer à la guerre, ce qui déclenche une vive protestation de la population. Sissi tombe enceinte mais découvre que l'empereur a une maîtresse…

L'empereur échappe de justesse à une tentative d'assassinat. Alors que Napoléon III s'approche de Milan, François-Joseph part le combattre en Lombardie. Sissi apporte son aide à une infirmière dans un hôpital militaire, puis elle rejoint l'empereur pour le convaincre de rencontrer le comte Andrassy et d'établir une paix durable en Hongrie...

La petite Sophie, l'aînée des enfants de Sissi et Franz, meurt alors qu'elle est âgée de deux ans à peine. Sissi et Franz, accablés par la douleur, quittent Budapest et rentrent avec le corps de leur fille à Vienne. Alors que Napoléon III revendique les territoires du nord de l'Italie, l'archiduchesse demande l'aide de Sissi...