XXIIIe siècle. L'amiral Robert April demande au capitaine Pike de reprendre du service sur l'USS Enterprise après la disparition de l'officier Una Chin-Riley lors d'une mission secrète. Pike se montre d'abord hésitant car il a eu une terrible vision de son avenir. Il accepte néanmoins et rejoint l'équipage...

Lors d'une mission d'étude, l'Enterprise réalise qu'une comète va percuter une planète habitée. L'équipage tente de modifier la trajectoire du météore, sans aucun résultat. Une équipe se rend alors sur place et découvre une ancienne relique extraterrestre enterrée sur la surface glacée de la comète...

L'Entreprise arrive en orbite d'une ancienne colonie illyrienne pour découvrir ce qui est arrivé aux colons. Quelques membres d'équipages, sortis du vaisseau pour enquêter, doivent le regagner précipitamment lorsqu'une tempête menace. Ils sont tous infectés par un virus qui les rend dépendants à la lumière...

L'Enterprise est chargé de livrer un filtre à air à une colonie de la Fédération. A leur arrivée, les membres de l'équipage découvrent que la plupart des colons sont morts. La'an Noonien-Singh, la cheffe de la sécurité, aide à évacuer les survivants et comprend qu'il s'agit d'un piège tendu par les Gorn...

L'équipage bénéficie d'un congé bienvenu le temps que l'Enterprise subisse quelques réparations. April demande à Spock et Pike de l'aider à mener des négociations importantes pour l'avenir de la Fédération avec les R'ongoviens. Au cours des discussions, Spock échange malencontreusement de corps avec T'Pring...

En route vers la planète Majalis, l'Enterprise reçoit un appel de détresse d'une navette attaquée par un vaisseau de guerre. Après avoir détruit l'astronef des assaillants, l'Enterprise téléporte l'équipage survivant à son bord. Il y a là un garçon appelé le Premier Serviteur, son père Gamal et Alora, qui fut autrefois le grand amour de Pike...

Le conseiller Aspen se rend avec l'Enterprise sur une colonie lointaine attaquée par le Serene Squall, un vaisseau appartenant à des pirates de l'espace. Pike et une équipe d'arraisonnement se téléportent sur la navette félonne mais, au même moment, l'équipage du Serene Squall monte à bord de l'Enterprise...

L'Enterprise est en train de surveiller une nébuleuse lorsque son moteur de distorsion tombe en panne, provoquant l'évanouissement de l'équipage. A leur réveil, ils découvrent que l'intérieur du vaisseau ressemble désormais au décor du conte de fées préféré de la petite Rukiya. Les membres de l'équipage incarnent les personnages de cette histoire fantastique, mais n'en ont pas conscience...

L'Enterprise est en route vers K-7 lorsqu'il se voit confier une mission prioritaire : enquêter sur la disparition de l'USS Peregrine. Pendant que l'Enterprise poursuit sa route vers K-7, Pike dirige une équipe d'exploration. Ils découvrent le Peregrine échoué sur une planète de glace...

Alors que l'Enterprise et l'USS Cayuga ravitaillent un avant-poste de la zone neutre romulienne, Pike rencontre l'un des futurs cadets pour lesquels il sacrifiera sa vie. Il décide de lui envoyer des signaux d'avertissement pour éviter que l'accident ne se produise. Il reçoit alors la visite d'une autre version de lui-même, venue du futur, qui lui montre les conséquences de ses choix...